Сюжет
Межгалактический уголовник Борис Животное, представитель вымершей расы боглодитов, инопланетных захватчиков, уничтожавших целые миры, с помощью своей сообщницы Лилли сбегает из лунной тюрьмы «Лунар-макс» и намерен вернуться в прошлое, чтобы убить агента Кея. Более сорока лет назад, 16 июля 1969 года, молодой агент Кей лишил Бориса руки и арестовал его. После преследования и перестрелки с агентами Борису удаётся бежать, и Кей сожалеет, что в прошлом не убил его. Он возвращается к себе в квартиру, где его следы исчезают. Агент Джей помнит Кея живым, но для всех «Людей в чёрном» он мёртв с 1969 года из-за изменённого Борисом прошлого. Агент Оу и Джей приходят к выводу, что переворот произошёл в пространственно-временном континууме. Оба они понимают, что Борис, сбежав из тюрьмы, стал каким-то образом причастен к происшедшему. Боглодиты начинают массированное вторжение на Землю, так как защитное устройство «Аркнет» не было установлено в 1969 году из-за смерти Кея.
Джей выходит на торговца электроникой Джеффри Прайса, нелегально предоставляющего возможность перемещаться во времени, и узнаёт, что именно он отправил сбежавшего Бориса в 1969 год, и отправляется вслед за ним в прошлое, чтобы предотвратить гибель напарника. У Джея есть 24 часа, чтобы остановить Бориса. На Кони-Айленд, где Борис из 1969 года убивает биоида Романа Звездочёта, молодой агент Кей арестовывает Джея и допрашивает, таким образом дав Борису скрыться. В штаб-квартире «Людей в чёрном» Джей пытается глупо врать, но Кей не верит ему и по приказу директора Экса отправляет Джея на нейрализацию. В последнюю секунду Джей рассказывает ему полную правду, и Кей выключает нейрализатор, поверив Джею. Вместе они следуют по следам Бориса и выходят на последнего из расы арканианцев, уничтоженных боглодитами, Гриффина. Арканианцы способны предсказывать все вероятные варианты развития будущего и могут переживать их все. Кей с Джеем спасают Гриффина от Бориса, и он передаёт им «Аркнет». Устройство необходимо поместить на стартующую к Луне ракету «Аполлон», и у них осталось шесть часов. После прибытия на мыс Канаверал агентов и Гриффина арестовывают. Полковник отпускает агентов после того, как Гриффин, живущий сразу во многих измерениях, показывает ему их предназначение.
На верхнем этаже стартового комплекса Джею и Кею перекрывают путь два Бориса — один из нашего времени, другой из 1969 года. Джею после тяжёлой схватки с «современным» Борисом с помощью перемещения на несколько мгновений в прошлое удаётся сбросить его в шахту стартующей ракеты, и тот гибнет в огне. Тем временем Кей во время боя с Борисом из 1969 года также сбрасывает противника вниз, отстрелив ему руку. Кей устанавливает «Аркнет» на ракете, и защитный экран разворачивается после её выхода в космос. Кей поздравляет полковника и предлагает ему вступить в агентство. Однако неожиданно появляется чудом выживший после падения Борис из 1969 года, который собирается убить Кея, но полковник закрывает его от пущенного в него шипа и погибает. Борис подстрекает Кея арестовать его, но Кей, уже зная, что из этого выйдет, уничтожает пришельца. После этого мальчик по имени Джеймс выходит из военной машины и начинает искать своего отца. В отдалении Джей наблюдает эту сцену и, вспоминая, как когда-то погиб его отец, понимает, что этот мальчик — он сам и есть. Кей использует нейтрализатор и говорит маленькому Джею, что его отец был героем. Джей возвращается в настоящее, где встречает Кея в их любимом кафе. Там он показывает Кею карманные часы своего отца — это намёк на то, что ему всё известно. Тем не менее, получается, что Кей с самого начала всё знал, и именно поэтому изначально присматривал за мальчиком в память о своём погибшем друге. Возможно, поэтому Кей становится более улыбчивым и разговорчивым, по сравнению с самим же собой в начале фильма. Когда они уходят, Гриффин размышляет, что это его самый любимый вариант земных событий, за исключением того, что Кей забыл оставить чаевые, указывая, что они находятся в измерении, где к Земле приближается метеорит. Но Кей возвращается и оставляет деньги, одновременно подмигнув Гриффину, и тем самым реализуется другое измерение, в нём метеорит разрушается при столкновении со спутником. Гриффин облегчённо произносит: «Вроде пронесло».
