Сюжет
На Хэллоуин мэр Готэм-сити Дон Митчелл-младший убит серийным убийцей, называющим себя Загадочником. Миллиардер Брюс Уэйн, который уже два года как вкалывает по ночам Бэтменом, пытается найти зацепки, также как и и полицейское управление Готэм-сити. Лейтенант Джеймс Гордон обнаруживает, что Риддлер оставил сообщение для Бэтмена. Однако комиссар Пит Сэвидж ругает его за то, что он позволил ночному мстителю пройти на место преступления, и прогоняет Бэтмена. Загадочник убивает Сэвиджа и оставляет Бэтмену еще одно сообщение.
Бэтмен и Гордон обнаруживают, что Риддлер оставил в машине Митчелла флэшку, на которой фотографии Митчелла с женщиной по имени Анника в "Айсберге", ночном клубе, которым управляет Пингвин, шестерка мафиозо Кармине Фальконе. Бэтмен допрашивает Пингвина, который обманывает, что вообще не в теме. Бэтмен замечает, что Селина Кайл, соседка по комнате и девушка Анники (ага, как без этого), работает там официанткой. Аннику невозможно найти, и Бэтмен вербует Селину, отправляя ее в «Айсберг» на поиски информации. Через Селину Бэтмен выясняет, что Сэвидж получал взятки от Фальконе, как и окружной прокурор Гил Колсон. Селина рвет с Бэтменом контакты, когда Бэтмен пытается выяснить, в каких отношениях она с Фальконе.
Загадочник похищает Колсона, привязывает к его шее бомбу с часовым механизмом и отправляет его на похороны Митчелла. Когда там появляется Бэтмен, Риддлер звонит ему по телефону Колсона и угрожает взорвать бомбу, если Колсон не сможет ответить на три загадки. Бэтмен помогает Колсону ответить на первые два вопроса, но Колсон на третьем отказывается назвать имя информатора, который предоставил полиции информацию, которая стала ключевой к эпическому аресту крупной партии наркотиков, положившему конец операции гангстера Сала Марони. Колсон умирает. Бэтмен и Гордон считают, что информатором мог бы быть Пингвин, и следят за ним, нарыв всю информацию по этому делу. Они обнаруживают, что операция Марони на самом деле не была прервана, и в ее прикрытии участвовало много офицеров полиции. Селина случайно выдает парней, когда приходит в костюме женщины-кошки тырить бабло на этой сделке. Пингвин убегает, а Селина обнаруживает труп Анники в багажнике его машины. Пингвина ловят, но он не информатор.
Машина Загадочника приводит Бэтмена и Гордона к руинам приюта, которым управляли родители Брюса, Томас и Марта. Они узнают, что Риддлер жил в приюте и затаил обиду на семью Уэйнов. Дворецкий и смотритель Брюса, Альфред Пенниуорт, попадает с ранением в больницу после того, как вскрыл письмо-бомбу, адресованное Брюсу. Затем Риддлер распространяет доказательства того, что Томас, который перед смертью баллотировался на пост мэра, нанял Фальконе, чтобы убить журналиста за угрозу раскрыть неловкие подробности истории психического заболевания Марты. Брюс, который вырос, полагая, что его отец был высокоморальным человеком, устраивает допрос Альфреду, который подтверждает обвинения, но заявляет, что Томас не хотел смерти журналиста, и он решил сдать Фальконе полиции, узнав об убийстве; Альфред предполагает, что Фальконе убил Томаса и Марту, чтоб его не сдали.
Селина признается Бэтмену, что Фальконе — ее биологический отец, впрочем, не желающий иметь с небрачным ребенком ничего общего. Она узнает, что Анника была задушена мафией, потому что Митчелл сказал ей, что Фальконе слил сделку конкурента. Женщина-кошка решает убить батю. Бэтмен и Гордон успевают в «Айсберг» вовремя, чтобы остановить ее. Бэтмен применив силу не позволяет Селине убить Фальконе, объясняя, что она не должна позволять Фальконе разрушить ее будущее, убив его и испортив себе жизнь, став вне закона. Бэтмен тащит борзого Фальконе в полицию, а Фальконе говорит Бэтмену, что он знает обо всех скрытых секретах Готэма и делах преступного мира и что все, что он знает, умрет вместе с ним. И так и происходит, когда Риддлер засаживает в Фальконе пулю из снайперки. Риддлера ловят. Им оказывается судмедэксперт Эдвард Нэштон, и его отправляют в психушку Аркхем. Нэштон говорит, что, хотя и был сиротой, он завидовал Брюсу Уэйну, которому все сочувствовали, а вот Риддлеру не сочувствовал никто. Загадочник боготворит Бэтмена, вдохновившего его на борьбу с коррумпированными ублюдками, и предлагает партнерство, но Бэтмен решительно отказывается, так как не одобряет такие методы.
Возмущенный тем, что его кумир отверг его, Нэштон начинает болтать о своей идеологии. Бэтмен понимает, что Нэштон еще что-то запланировал. Поняв, что Бэтмен не знает ничего, обрадованный Нэштон от радости поет «Ave Maria», песню, которую пели на похоронах Митчелла. Бэтмен бесится от незнания и орет, "Что ты сделал?".
Бэтмен обыскивает квартиру Загадочника. Полицейский мимоходом показывает ему инструмент для резки ковров, которым Риддлер убил мэра в начале. Бэтмен понимает, что этот инструмент является еще одним ключом к раскрытию главного плана Риддлера. Он разрезает ковер в квартире и обнаруживает там карту. Нэштон разместил автомобильные бомбы вокруг Готэма. Бэтмен вводит пароль с карты на компьютер Риддлера и начинает крутиться запись Риддлера, записанная перед его арестом. В видео радостный Риддлер объясняет, что у него есть онлайн-последователи, которые планируют убить избранную мэром Беллу Реал.
Бомбы разрушают волнорезы вокруг Готэма и город затапливает. Последователи Нэштона во время суматохи стреляют в Реал, раня ее, но их останавливают Бэтмен и Селина. Сражаясь с подпевалами Загадочника, Бэтмен побеждает их, но его почти убивает последний бандит, который собирается прикончить Бэтмена. Селина спасает Бэтмена, а потом целует его, поблагодарив за то, что он не позволил ей убить Фальконе. Однако бандюган приходит в себя и чуть не убивает Селину ножом. В ярости Бэтмен вводит себе адреналин и находит в себе силы, жестоко избивая засранца, но его останавливают Гордон и Селина.
Бэтмен видит высоковольтную линию, которая вот-вот будет подтоплен, и многие люди, которые сейчас находятся в воде на улицах, погибнут. Бэтмен прыгает на провод и перерезает его своей съемной эмблемой летучей мыши, получая удар током, но спасая людей. Придя в себя, Бэтмен зажигает сигнальную ракету и ведет выживших в безопасное место. После этого Пингвин начинает размышлять о том, чтобы захватить вакуум власти, оставшийся после смерти Фальконе. Нэштон, расстроенный тем, что его план провалился, слушает ободряющие фразы от другого заключенного, у которого периодически прорезается зловещий смех (предположительно это Джокер). Эти двое быстро становятся друзьями.
Бэтмен помогает восстанавливать город и клянется вселить надежду в Готэм, увидев, что его пример вдохновил многих, а страх перед ним пугает преступность. Селина считает, что Готэм уже не спасти, и пытается убедить Бэтмена уйти с ней, но он отказывается. Когда они расходятся, Бэтмен оборачивается с надеждой, что Селина когда-нибудь одумается, и вернется.
