Сюжет
Спасательный челнок «Нарцисс» с погружённой в анабиоз Эллен Рипли сбивается с курса и попадает на замкнутую орбиту, где только спустя 57 лет её подбирает поисковая команда. Компания «Вэйланд-Ютани» начинает разбирательство по поводу истории Рипли о том, что причиной подрыва космического тягача «Ностромо» и гибели экипажа стал Чужой. Но, очевидно, рейс «Ностромо» тогда, 57 лет назад, был засекречен, и нынешнее руководство компании о нём ничего не знает. В результате Рипли обвиняют в превышении должностных обязанностей и отзывают её лицензию пилота. Когда Рипли спрашивает, почему бы просто не послать на планету LV-426 в системе ζ-2 (Дзета Сетки) созвездия Сетки экспедицию, чтобы проверить её показания, руководство компании шокирует её, заявляя, что в этом нет необходимости: на Ахероне (нынешнее название LV-426) они давно основали рабочую колонию «Надежда Хадли», чьи жители, по их словам, не сталкивались ни с какими существами.
Спустя месяц к Рипли, которая живёт на орбитальной станции «Гэйтуэй», работая водителем погрузчика, приходят один из руководителей компании Картер Бёрк и лейтенант Горман, которые сообщают, что с «Надеждой Хадли» потеряна связь. Они предлагают Рипли отправиться на планету в качестве консультанта вместе с десантниками для выяснения причин. Если она согласится, то компания восстановит Рипли в звании офицера. Рипли отказывается, главным образом из-за того, что она всё ещё уверена, что компания хочет заполучить Чужого для исследований. Однако после небольшого раздумья она, страдающая от ночных кошмаров и осознающая, что ей нечего терять, соглашается, взяв слово с Бёрка, что компания не будет стараться заполучить Чужого. Оказавшись на борту военного корабля «Сулако» Рипли пытается рассказать десантникам о Чужом, но те не особо ей верят и лишь посмеиваются.
После прибытия к Ахерону «Сулако» остаётся на орбите, а десантники спускаются вниз на челноке и обнаруживают, что все колонисты исчезли. Колония относительно цела, но повсюду видны следы борьбы и огромные дыры от кислоты в перекрытиях. В лаборатории колонии они находят колбы с Лицехватами, два из которых ещё живы. Судя по записям в журнале, Лицехватов пытались удалить до того, как они успели отложить эмбрионы в людей, которые скончались во время операций. Также десантники находят единственного выжившего — маленькую девочку Ребекку Джорден по прозвищу Ньют, которая всё это время пряталась в вентиляции. Вскоре десантники определяют местоположение остальных колонистов — судя по сигналам личных датчиков, они находятся в одном из подземных помещений ядерного реактора, питающего атмосферный процессор. Рипли замечает, что использование оружия, кроме огнемётов, в том месте не рекомендуется, так как выстрел может повредить систему охлаждения реактора, что вызовет термоядерный взрыв. Сидящий в БТР лейтенант Горман даёт приказ всем сдать боеприпасы, но пулемётчики Дрэйк и Васкес, сдав батареи от своих пулемётов, тайком подключают запасные, а капрал Хикс достаёт дробовик.
Подойдя к указанному месту, десантники оказываются в улье Чужих и видят множество трупов с разорванными грудными клетками, приклеенных слизью к стенам. Одна женщина оказывается ещё живой и просит десантников убить её. Не понимая, те пытаются её освободить, но из её груди вырывается родившийся Грудолом и женщину сжигают. Неожиданно взрослые Чужие спускаются с потолка и набрасываются на десантников со всех сторон. Оставшиеся в живых десантники начинают отступать, а Чужие преследуют их. Пулемётчики, игнорируя приказ командира, открывают огонь. Видя это, Рипли садится за руль БТР и мчится им навстречу. Забрав выживших десантников, Рипли удаётся вывести их из комплекса. После краткого совещания о дальнейших действиях Рипли выдвигает предложение, которое поддерживает Хикс (Горман контужен и поэтому по званию Хикс теперь главный): покинуть планету и уничтожить атмосферный процессор и колонию ядерным зарядом с орбиты. Бёрк пытается возражать, ссылаясь на дороговизну постройки. Челнок, стоящий возле главного комплекса, взлетает, чтобы подобрать отряд у сломавшегося БТР, но на его борт уже проник один из Чужих, который убивает обоих пилотов челнока, и тот терпит крушение, врезавшись в основание атмосферного процессора.
Собрав остатки снаряжения, Хикс решает окопаться в командном посту главного комплекса и ждать помощи. Десантники восстанавливают баррикады колонистов. Однако, вскоре андроид Бишоп показывает всем, что реактор атмосферного процессора скоро взорвётся, поскольку система охлаждения повреждена. Бишоп по трубе ползет к орбитальной антенне комплекса, чтобы вызвать второй челнок с «Сулако». Перед этим у всех заходит разговор относительно жизненного цикла Чужих: если Чужие являются следствием заражения Лицехватами, то откуда берутся яйца с самим Лицехватами. Рипли просит Бишопа, который проводил исследования мёртвых Лицехватов из лаборатории, уничтожить двух живых, но Бишоп сообщает, что Бёрк попросил сохранить образцы до прибытия на Землю. Рипли вызывает Бёрка на откровенный разговор и признаётся ему, что раздобыла журнал руководства колонии, из которого узнала, что это Бёрк послал руководству колонии запрос с координатами того инопланетного корабля, где команда «Ностромо» нашла яйца Чужих, а значит это он виноват в гибели всех колонистов. Рипли грозит Бёрку трибуналом по прибытию на Землю.
Рипли и Ньют засыпают в медлаборатории. Проснувшись, Рипли обнаруживает, что её автомат исчез, дверь заблокирована, а два живых лицехвата выпущены из своих колб. Рипли удаётся запустить систему пожарной тревоги, благодаря чему вовремя подоспевшие десантники успевают спасти их с Ньют и убить Лицехватов. После Рипли сообщает, что это работа Бёрка — по его плану Рипли и Ньют доставят на Землю образцы для исследований внутри себя (поскольку в гиперсне биологические часы человека замедляются, то Чужой не успел бы созреть к прибытию на Землю). Выслушав Рипли, десантники решают расстрелять Бёрка, но в этот момент освещение отключается, а оба датчика движения засекают массовое движение внутри комплекса, и очень скоро Чужие пробивают потолок (им удалось обойти все баррикады, пробравшись в потолочное пространство комплекса). Десантники открывают огонь, прикрывая отступление Рипли, Ньют и Бёрка. Бёрк пытается бежать в одиночку, но попадает прямо в лапы к одному из Чужих, а Рипли и Ньют отступают через вентиляционные каналы. За ними следуют немногие уцелевшие десантники. Здесь погибают Горман и Васкес, которые взрывают себя гранатой. Взрывная волна сбивает с ног Ньют, и она падает по вентиляционным каналам на нижние этажи комплекса. Хикс и Рипли, единственные выжившие, пытаются её спасти, но Чужие уносят её в свой улей. Кислотная кровь очередного Чужого обжигает Хикса, но Рипли помогает ему дойти до челнока, который Бишоп успел вызвать с «Сулако». Рипли приказывает Бишопу лететь к атмосферному процессору, вооружается и спускается в улей. По датчику слежения, который она надела на Ньют раньше, Рипли находит и спасает девочку, но спасаясь от очередного взрыва, которые теперь сотрясают процессор, Рипли попадает в зал Королевы-Матки Чужих, которая и откладывает яйца.
Рипли выпускает струю огня в воздух, а затем направляет ствол огнемёта на яйца. Королева отзывает своих воинов, но в этот момент яйца начинают раскрываться. Рипли сжигает яйца из огнемёта, расстреливает из автомата, а затем из подствольного гранатомёта взрывает яйцеклад Королевы. После чего, Рипли и Ньют убегают, а королева рвет яйцеклад и преследует их. Бишоп подлетает к посадочной платформе, чтобы забрать Рипли и Ньют, но в этот момент атмосферный процессор начинает разрушаться — сильная взрывная волна бросает челнок на платформу, прямо в кучу обломков, и тот застревает в них. Тем не менее, взлететь всё же удаётся, прежде чем термоядерный взрыв уничтожает атмосферный процессор. По возвращении на «Сулако» обнаруживается, что Королева спряталась в шасси челнока. Она разрывает Бишопа и начинает преследовать Ньют в ангаре. Рипли, используя робота-погрузчика, удаётся выбросить чудовище в космос. В качестве единственного живого пилота Рипли направляет «Сулако» на Землю. Из всей команды уцелели в итоге она, Ньют, Хикс и Бишоп (хотя последний и разорван пополам, но продолжает функционировать).
