Сюжет
В начале фильма на некой планете один из представителей инопланетной расы Создателей (англ. Engineers — инженеры, конструкторы), стоя на вершине водопада, выпивает некую тёмную жидкость, которая растворяет его тело вплоть до молекул ДНК. Ритуально принося себя в жертву и перед тем, как окончательно умереть, Создатель падает в воду, где его молекулы воссоздают новую ДНК и образуют первые живые клетки, тем самым дав начало новой жизни на планете.
В 2089 году археологи Элизабет Шоу и Чарли Холлоуэй, исследуя шотландский остров Скай, находят в пещере наскальные рисунки возрастом более 35 тысяч лет. На пиктограммах изображены люди, поклоняющиеся высоким человекоподобным существам, указывающим на звёзды. Спустя 4 года, в декабре 2093 года, научно-исследовательское судно «Прометей», после двухлетнего полёта, на борту которого находятся в анабиозе вместе со всеми Шоу и Холлоуэй, подлетает к LV-223 — одному из естественных спутников планеты-газового гиганта в системе ζ2 Сетки. Находившийся на вахте андроид Дэвид изучает древние языки, учит басню Шлейхера, играет в баскетбол, подсматривает за снами находящихся в анабиозе людей и смотрит свой любимый фильм «Лоуренс Аравийский». Когда вся команда просыпается, руководитель экспедиции Мэридит Виккерс показывает голографическую запись, на которой уже умерший глава корпорации «Вейланд Индастриз» Питер Вейланд раскрывает цель экспедиции: по всему земному шару находили очень похожие изображения, которые свидетельствовали о том, что инопланетяне посещали древние земные цивилизации, и Вейланд решил отправить космическую экспедицию, чтобы встретиться с древними прародителями. Выступившие далее Шоу и Холлоуэй показывают, что на всех этих древних изображениях изображено одинаковое созвездие, которое они определили, как Дзету Сетки. «Прометей» садится на LV-223, где экипаж обнаруживает ряд древних сооружений искусственного происхождения. К одному из них отправляется группа учёных и обнаруживает внутри различные технические устройства и останки человекоподобных существ. Геолог Файфилд запускает роботов-сканеров, чтобы составить трёхмерную карту помещения. Андроид Дэвид находит и активирует голограмму, которая показывает, как огромные человекоподобные инопланетяне спасаются бегством от какой-то опасности. Файфилд и биолог Милбёрн опасаются встретить то, что заставило инопланетян бежать и уходят обратно на «Прометей». Оставшиеся учёные находят тело инопланетянина с отрубленной головой. Анализ показывает, что существо умерло около 2000 лет назад. В ходе дальнейшего исследования сооружения учёные находят помещение с множеством цилиндрических предметов. Дэвид обнаруживает, что они выделяют чёрную жидкость органического происхождения.
Неожиданно начинается пыльная буря и учёные срочно возвращаются на «Прометей», захватив с собой голову инопланетянина. Дэвид втайне от всех берёт один из цилиндров-сосудов. На борту выясняется, что Файфилд и Милбёрн заблудились и остались в древнем сооружении, и их решают забрать после того, как пройдёт буря (из-за бури связаться с ними невозможно). Шоу и медик Форд начинают исследовать останки пришельца: оказывается, это не череп, а шлем, который скрывает голову, похожую на человеческую. Кроме того, ДНК пришельца тоже аналогична человеческой. Изучив голову, учёные обнаруживают, что кожа Создателя покрыта наростами, похожими на новые клетки в процессе преобразования. Чтобы узнать, что именно это такое, они дают в нервную систему головы электромагнитный заряд, чтобы оживить её, после чего в голове начинают происходить неизвестные биологические процессы и она взрывается. Дэвид тайно открывает взятый им сосуд с чёрной жидкостью и добавляет каплю её в напиток Холлоуэя, который после этого идёт к Шоу. Они разговаривают о Создателях, после чего занимаются сексом. Параллельно Файфилд и Милбёрн находят коридор с множеством мумифицированных тел Создателей, которые также погибли от того, что у них тоже взорвались черепные коробки. Запущенные ранее Файфилдом мобильные сканеры постепенно воспроизводят структуру сооружения, часть которого оказывается инопланетным космическим кораблём. Изучая его голографическую копию, капитан Джанек замечает, что вблизи от оставшихся в сооружении учёных возникают сигналы, показывающие наличие некой формы органической жизни. Ему удаётся связаться с Файфилдом и Милбёрном, которые после этого уходят в противоположную сторону и попадают в зал с контейнерами-сосудами. Из них уже вытекла жидкость, в которую попали местные черви, быстро мутировавшие в змееподобных существ. Одно из них нападает на Милбёрна и ломает ему руку. Пытаясь освободить коллегу, Файфилд отрезает змееподобному существу голову, после чего из раны начинает брызгать кислота. Она попадает на шлем Файфилду и разъедает его, он падает в лужу тёмной жидкости, а у существа отрастает новая голова и оно проникает в организм Милбёрна. Наутро Холлоуэй, смотрясь в зеркало, замечает у себя симптомы «неизвестной инфекции» — результат мутации организмов-симбионтов (или паразитов). Когда буря стихает, команда отправляется на поиски пропавших коллег. Дэвид отделяется от группы и находит пункт управления космическим кораблём пришельцев, где по голограммам выясняет, что инопланетяне собирались отправиться на Землю, куда, очевидно, хотели доставить те самые контейнеры. Также он обнаруживает криокапсулы, в одной из которых в состоянии анабиоза находится живой инопланетянин. Тем временем, команда находит труп Милбёрна. Неожиданно Холлоуэю становится хуже и команда решает вернуться на корабль, но Виккерс, считая, что Холлоуэй представляет опасность для окружающих, запрещает ему подниматься на борт. Сам Холлоуэй, понимая, что является угрозой для остальных, провоцирует Виккерс на то, чтобы она сожгла его из огнемёта.
«Новорождённое» существо
Обезумевшую от горя Шоу приводят в медотсек, где Дэвид, обследовав её, сообщает, что она беременна от Холлоуэя (хотя Шоу бесплодна) и плод очень быстро развивается. Дэвид хочет заморозить Шоу, чтобы доставить ее и плод для изучения на Землю, но Шоу чувствует неладное и с боем прорывается к автоматическому хирургическому модулю, который находится в спасательном модуле Виккерс. Она программирует на аппарате операцию по извлечению инородного тела. Плодом оказывается кальмароподобное существо, которое остаётся в зажимах хирургического модуля. Затем Шоу находит на корабле проснувшегося Питера Вейланда, который на самом деле не умер, хотя и очень стар, и которого тайно везли в капсуле. Одержимый страхом смерти, он жаждет встречи с Создателями, надеясь, что они его вылечат и даруют бессмертие. Тем временем, инфицированный Файфилд нападает на корабль и, прежде чем его уничтожают, убивает нескольких членов экипажа. Капитан Джанек при разговоре с Шоу высказывает предположение, что на этой планете была военная база Создателей, где они разрабатывали некое биологическое оружие, над которым потеряли контроль. Вейланд, его люди, Дэвид и Шоу отправляются на инопланетный корабль, где Дэвид рассказывает, что Создатели со своим смертоносным грузом летели на Землю, но катастрофа им помешала. Люди пробуждают оставшегося Создателя от криосна, и Дэвид пытается с ним общаться на праиндоевропейском языке, но Создатель отрывает голову андроиду и убивает Вейланда и его людей. Шоу удаётся сбежать, пока инопланетянин запускает программу взлёта корабля. В это время Шоу выбирается из инопланетного корабля и предупреждает экипаж «Прометея» о цели инопланетянина. Виккерс приказывает капитану Джанеку, пилотам Ревелю и Ченсу лететь на Землю, но они решают пожертвовать собой, запустив ионный двигатель и протаранив взлетающий инопланетный корабль. Перед столкновением капитан сбрасывает аварийно-спасательный модуль Виккерс, а сама Виккерс успевает покинуть «Прометей» в аварийной капсуле. В результате столкновения «Прометей» уничтожен, а инопланетный корабль падает, при этом убивая Виккерс. Шоу спасается и добирается до аварийно-спасательного модуля, где она обнаруживает, что извлечённый из неё плод за это время разросся до гигантских размеров и из-за сброса модуля высвободился из захвата. Затем с ней связывается ещё функционирующий Дэвид и предупреждает об опасности — переживший крушение Создатель направляется к ней. Женщине удаётся подставить его под щупальца извлечённого из неё существа. После этого Дэвид сообщает, что на планете есть ещё корабли Создателей, и если Шоу восстановит его, то он поможет ей улететь на Землю. Но Шоу решает лететь на родину Создателей, чтобы выяснить, почему они создали человечество и почему позднее решили его уничтожить. Ридли Скотт в DVD-комментариях пояснил, что Создатели разгневались на человечество за убийство Иисуса Христа, который на самом деле был одним из Создателей. Так же в одной из вырезанных сцен выясняется, что название родины Создателей в большинстве древних земных языков обозначало рай, куда и летит выжившая Шоу.
Последние кадры фильма показывают, как из груди Создателя, побеждённого и зараженного кальмарообразным чудовищем, вылезает существо, похожее на Чужого.
