Сюжет
Фильм начинается со сцены в морге. Патологоанатомы вскрывают тело Джона Крамера и в желудке находят диктофонную кассету. На место вскрытия приезжает детектив Хоффман и вставляет кассету, найденную в желудке Крамера, в диктофон. На плёнке Джон обращается к детективу: «Ты там, детектив? Если так, то ты последний, кто готов принять мой вызов. Возможно, тебе повезёт там, где других постигла неудача. Думаешь, я не подвергну тебя испытанию? Обещаю: моя работа будет продолжена. Ты думаешь, всё закончено, потому что я мёртв? Ничего не закончено — игра только началась!»
Двое мужчин просыпаются в мавзолее. Один из них — мужчина крупного телосложения по имени Тревор, а другой — молодой адвокат Арт Бланк. Оба они в разных концах мавзолея прикованы цепями к аппарату, находящемуся в середине мавзолея, который постепенно наматывает цепь на катушку. Если цепь закрутится до конца, то им обоим сломает шеи. У Арта зашит рот, а у Тревора глаза. Арт замечает на шее у Тревора ключ. Тревор, не понимая, что происходит (поскольку ничего не видит), начинает кричать и тянуть Арта за цепь, что приводит механизм в действие. Механизм начинает накручивать цепь и через несколько мгновений убьет их. Тревор, пытаясь спастись, стал размахивать инструментами (найденными случайно) и ранил Арта в ногу. Арт убивает Тревора, несколько раз ударив его молотком по голове. Сняв ключ, Арт освобождается и, крича во все горло, разрывает зашитый рот.
Детектив Хоффман вместе с полицейским спецназом (командиром спецназа Риггом) обнаруживают тело детектива Керри. На место преступления приезжают агенты ФБР Питер Страм и Линдсей Перес. Страм сразу догадался, что Аманда Янг не могла затащить Керри в ловушку и что у Пилы есть ещё один помощник, которого они и должны найти.
Вернувшись домой, командир спецназа Ригг идёт в ванную, где на него набрасывается неизвестный и усыпляет. Очнувшись, Ригг открывает дверь в комнату, где включается телевизор. Манекен с экрана объяснил, что Эрик Мэтьюс ещё жив. Он стоит на кубе льда, который растает через 90 минут, и Эрик Мэтьюс и детектив Хоффман погибнут. У Ригга есть всего 90 минут, чтобы спасти их.
Далее Ригг обнаруживает проститутку и сутенёршу Бренду, привязанную волосами к аппарату, который наматывает их. Ригг спасает её, но она берёт нож и бросается на него. Ригг толкает её на зеркало, и та погибает.
Следуя подсказкам Пилы, Ригг находит в отеле насильника Айвена, с которым хочет поиграть Пила.
Отпечатки на гильзе, которую нашли под телом Керри, опознали как офицера Ригга. Полиция и ФБР принимает решение навестить его квартиру.
В квартире они находят труп Бренды и множество фотографий на стенах. Питер догадывается среди них увидеть "лишнюю", таким образом он находит подсказку — фотография Джилл Так.
ФБР допрашивает Джилл Так, жену Джона Крамера и основную подозреваемую в его деле. Питер показывает ей её фотографии, которые ФБР нашли в квартире Ригга, и пытается понять её роль в действиях Пилы. Джилл вспоминает (показывают флешбеки) моменты с Джоном.
Тем временем Ригг привязывает Айвена к кровати, включает диктофон и выходит из комнаты. Правила игры — насильник должен выколоть себе глаза, или умрёт. Айвен успевает выколоть себе один глаз, а второй не успевает, и аппарат Пилы отрывает ему конечности. Айвен погибает. Допрос Джилл Так продолжается. Становится известно, что пациент её клиники Сессил придавил дверью живот Джилл, из-за чего она и потеряла ребёнка. ФБР обнаруживает труп Айвена в отеле.
Тем временем Ригг находит очередных жертв Пилы — Морган и Рекса, мужа и жену. Муж часто избивал Морган, но в полицию она обращаться боялась. Ригг обо всём догадался и после допроса не удержался и ударил её мужа. В дело вмешался Хоффман, а муж вызвал адвоката Арта Бланка, которому ничего не удалось доказать, так как Хоффман всё «уладил», сказав, что готов давать показания на суде против мужа Морган, и свидетельствовать, что муж первым кинулся на Ригга, а не наоборот. На что Арт Бланк ответил, что знает о том, что Хоффман покрывает Ригга, и за враньё оба расплатятся впоследствии. В «игре» Пила проткнул Морган и её мужа железными прутьями таким образом, что один и тот же прут проходит сквозь Морган и её мужа одновременно, не задевая важные точки и органы у Морган, но если она вытащит эти прутья, чтобы освободиться, то её муж умрёт, так как у него они проходят сквозь важные точки, а нет — истечёт кровью. Морган отомстила мужу за причинённые страдания и вытащила все прутья, отчего её муж и погибает.
Через некоторое время ФБР находит труп Рекса. Морган дала показания ФБР о том, что её спас Ригг. Но агент Страм не доверяет Риггу. Становится известно, что всех жертв Пилы защищал адвокат Арт Бланк. Он же является адвокатом Джилл Так. Эксперт-криминалист неосторожно активирует прибор Пилы, тот выстреливает и убивает полицейского-фотографа. Страм в последний момент успевает оттащить агента Перес.
Очередная игра Пилы находится в том же здании, где сейчас Страм и Перес. Посреди комнаты на стуле сидит кукла Билли, вокруг — свечи, на кукле — диктофон. Перес включает диктофон. Но оказалось, что это ловушка — из куклы в Перес выстреливают заряды. Страм кричит вызвать скорую. Агент Страм разозлён, он ведёт допрос Джилл Так с намерением узнать, где Арт Бланк. В прошлом Джон Крамер похитил Сессила, убившего его ребёнка. Сессил должен изуродовать своё лицо ножами или умереть от потери крови. Сессил делает это и освобождается. Он кидается на Крамера с намерением убить его, но из-за этого падает в другую ловушку — колючую проволоку — и погибает.
Страм покидает комнату допроса. Он смотрит на газету и агента озаряет! Ригг, Метьюз, Бланк и Хоффман находятся в здании Гидеон. Гидеон — первый дом Джона и имя его неродившегося ребёнка.
Бланк даёт Метьюзу пистолет с одним патроном и сообщает, что он погибнет, если кто-нибудь войдёт в дверь. Арт снимает куртку, и Метьюз с Хоффманом понимают, что он тоже участник игры — у него на спине прицеплено устройство Пилы. Ригг успевает вломиться в комнату с пленниками (Метьюз в отчаянии стреляет, но только ранит его), что приводит к смерти Метьюза. Глыбы льда расплющивают ему голову. Тем временем агент Страм проникает в здание Гидеон и находит комнату, где только что завершились события предыдущего фильма. Страм убивает не контролирующего себя Джеффа. Он видит трупы Пилы, Линн Денлон и Аманды Янг.
В это время раненые Ригг и Бланк корчатся на полу. Бланк тянется за диктофоном, Риггу кажется, что за пистолетом, и Ригг его убивает. Диктофонное послание говорило Риггу, что убив Метьюза, он провалил последнее задание. Ригг понимает, что помощник Пилы — детектив Хоффман.
«Игра окончена» — говорит Хоффман.
Далее Хоффман запирает агента Страмма в комнате с трупами и уходит.
«Игра только начинается» — гласит послание Пилы Хоффману
