Сюжет
У фильма есть предыстория - читать здесь.
Действие происходит спустя три года после событий первого фильма. Разворачиваемая Россией, США и Китаем сеть спутников обнаружения "пропускает" незамеченной маленькую капсулу, выпущенную с инопланетного корабля "Сол". Капсула падает в акватории Балтики неподалёку от финского рыболовецкого траулера.
4 месяца спустя Юлия по пути в секретную лабораторию Министерства обороны, где над ней проводят эксперименты, подвозит (с разрешения отца - генерал-лейтенанта Валентина Лебедева) своего однокурсника "Гугла" до его новой работы в "Ростелекоме". Во время очередного эксперимента к ней приводят Артёма, к этому времени отбывающего срок за покушение и восстанавливающегося после инсульта и других травм. Видя его, Юлия едва не разрушает весь комплекс с помощью своих способностей.
Лебедев обещает, что больше опытов не будет, и разрешает дочери прогуляться без охраны, но посылает одного из своих людей - Ивана - защищать Юлию инкогнито. Девушка замечает его, и тот рассказывает про защиту главы одного племени, который был извращенцем.
Внезапно их разговор прерывает Хэкон. После короткой схватки он и Юлия бегут на парковку и с помощью "Сола", удалённо взломавшего управление машины, уходят от преследования Иваном и уезжают из Москвы в деревню, где Хэкон живёт уже 4 месяца. Будучи в гневе, она кричит на него и прогоняет "Гугла", принёсшего инопланетянину продукты.
На следующее утро Юлия звонит отцу и объясняется с ним. Валентин в свою же очередь посылает тактическую группу за своей дочерью и её инопланетным "дружком", но в то же время "Сола" поглощает "Ра" - другой корабль цивилизации Хэкона. Он взламывает радиоканал между Лебедевым и командиром отряда, отдавая ложный приказ от имени генерала ликвидировать их (хотя настоящий приказ был на неприменение оружия). Хэкон и Юлия бегут в капсулу, во время чего спецназовец подстреливает её. Хэкон пытается покинуть пределы атмосферы Земли, но капсулу подбивает ракета, выпущенная из ЗРК. Объект падает в Москву-реку, но два вертолёта Ка-52 открывают по нему огонь из крупнокалиберных пулемётов. Хэкон вынужден посадить капсулу возле высоток и бежать, получив помощь от Артёма, бежавшего во время конвоирования в инопланетном экзоскелете. Троица угоняет машину и едет в торговый центр, где Хэкон скупает всю "хорошую", по его мнению, воду для излечения Юлии.
В то же время начинается чехарда: в эфире одного из телеканалов сообщают о взрыве жилого дома, который якобы устроила Юлия Лебедева и о "манифесте", смонтированном на базе видеозвонка Юлии отцу, однако сам эфир ведётся не из студии телеканала, а сотрудники телеканала пребывают в недоумении. Всем, у кого есть сотовые, поступают звонки от якобы знакомых, даже если они находятся рядом и говорят по телефону сами. Во всех звонках голосами знакомых рассказывается о взрыве и необходимости поймать Юлию Лебедеву. Ивану поступает звонок от "жены", которая сообщает, что их сын в какой-то больнице в критическом состоянии, но его настоящая жена слышит лишь помехи и просит сына вести себя потише. Валентин Лебедев на совещании совбеза в засекреченном бункере на фоне фальшивых приказов и "новостей" о "взрыве" предпологает, что все цифровые коммуникации стали жертвами кибератаки, и приказывает перейти на проводную связь с посыльными, отказавшись от всех цифровых технологий. Армия опечатывает все коммуникации, на печатном станке в спешке готовится спецвыпуск "Комсомолки", в телеэфир с передвижной станции через частоты ГОЧС выходят настоящие журналисты и призывают не верить сообщениям, за исключением тех, что распространяются посредством аналогового телевидения, газет или систем оповещения населения.
Троица сбегает от патруля ДПС и укрывается дома у "Гугла", ускользнув от участкового. Хэкон заливает ванну водой и кладёт туда Юлию для начала процесса регенерации тканей. Чуть позже Артём спаивает Хэкона, и тот падает без чувств. Артём и "Гугл" отвозят его в здание Министерства Обороны, где тот разъясняет генералу Лебедеву, что "Ра" - ИИ, который пытается защитить свою цивилизацию. Для этого он инициировал "протокол недопущения", подразумевающий ликвидацию Юлии. Разрабатывается план, выключив спутник "Ямал-410", принадлежащий "Ростелекому", на несколько секунд разрушить сеть "Ра" и с помощью МБР "Эшелон-2" уничтожить инопланетный корабль. "Гугл" с отрядом военных связистов и сотрудниками "Ростелекома" выключают спутник, и ракета достигает своей цели.
В тот же самый момент Иван доставляет Юлию в штаб, пробиваясь через толпу бастующих, которые требуют отдать её на самосуд. Иван предупреждает, что если с его сыном что-то случится, Юлия поплатится. В это время выясняется, что "Ра" не уничтожен. Он входит в атмосферу, зависает над центром Москвы и грозится уничтожить множество людей. Под ним начинаются массовые прорывы воды, и из неё образуется огромный купол диаметром в 3 километра, через который не пробиться. Внутри купола начинается сильнейшее наводнение, причём вода прибывает и сверху, и снизу, и через некоторое время всё от земли до корабля будет затоплено.
Армия и МЧС пытаются спасти людей, спасающихся на крышах высоток по всему району. Лебедев через систему экстренного оповещения обращается к людям с призывом всячески помогать друг другу, предварительно отправив троих главных героев на вертолёте, но Хэкон остаётся. Он предлагает Лебедеву уничтожить "Ра" с помощью своей капсулы, но управлять ей может только он сам, находясь внутри, а это "билет в один конец". Лебедев по радио указывает инопланетянину путь по затопленным улицам Москвы, в это время Хэкон спрашивает, может ли он жить вместе с Юлией, аргументировав это невысокими шансами на выживание Лебедева. Сам Лебедев, сославшись на те же аргументы, даёт согласие. Вскоре сильная волна смывает Валентина, затапливая помещение, где он находится.
В это время вертолёт, на котором летят Юлия и Артём, цепляется за провода и падает, но они выпрыгивают и спасаются на одной из многоэтажек. Там Юлия просит спасшихся убить её, чтобы наводнение прекратилось. Иван, выбравшись из воды, крадёт пистолет у полицейского и пытается застрелить Юлию, но вместо этого убивает заслонившего её Артёма. Впоследствии вода полностью затапливает район, и Юлия, пользуясь своими новыми способностями, выталкивает "Ра" из воды, где его уничтожает авиация. Вода быстро спадает, а обломки инопланетного корабля аккуратно опускаются на центр Москвы, не причинив дополнительных разрушений. Из воды выплывает выживший генерал Лебедев.
Спустя некоторое время Валентин Лебедев и друзья Юлии стоят на её могиле. Когда все уходят, он подходит к могиле Артёма и стоит там некоторое время. В финальной сцене Лебедев прилетает на Камчатку с собакой своей дочери и, дойдя по подсказкам "Сола" до указанной точки, видит Юлию и Хэкона, которые, оказывается, живы и при помощи космического корабля, находящегося под водой, собираются улететь на другую планету, где их не найдут.
