Сюжет
В XVII веке Хандзо Хасаши живёт счастливой и спокойной жизнью со своей женой и двумя детьми в Японии. Внезапно на семью Хандзо нападает группа бойцов под предводительством воина-криоманта — Би Хана. Жена Хандзо Хасаши, Юрико, успевает спрятать в тайнике младшую дочь. Би Хан проникает в жилище и в поисках Хандзо убивает его жену и старшего сына Дзюбэя. Вернувшийся Хандзо обнаруживает их замороженными насмерть, и в порыве ярости убивает воинов Би Хана мечом и металлической пикой-копалкой. В итоге происходит схватка между Хандзо и Би Ханом, победу в которой одерживает последний. Смертельно раненый Хандзо слышит плач своей дочери, но из-за полученных ранений не может до неё дойти и умирает, попадая в преисподнюю. Затем появляется бог грома Райдэн и забирает спасённую от нашествия Лин Куэй дочь Хандзо.
Наши дни, боец смешанных единоборств Коул Янг выступает в поединке за 200 долларов, но проигрывает бой сдачей. В раздевалке Коул знакомится с посетителем, которым оказывается Джексон Бриггс. После боя во время ужина Коул и его семья подвергаются нападению Би Хана, который теперь зовёт себя Саб-Зиро, посланного Шан Цзуном для убийства «избранных». Присматривающий за ними по просьбе Сони Блейд Джакс помогает Коулу и его семье сбежать от воина, а сам остаётся, чтобы сразиться с ним, однако проигрывает, когда Саб-Зиро замораживает и отрывает ему руки и сбрасывает в подвал здания.
Укрыв семью, Коул по указанию Джакса находит Соню в доме, адрес которого ему успел дать Бриггс. Та рассказывает ему про таинственный турнир «Мортал Комбат», который проходит с незапамятных времён и в котором могут участвовать только «избранные» — люди, у которых на теле есть специальная метка в виде дракона. Такая метка есть у Коула, Джакса и международного преступника Кано, который находился в плену дома у Сони Блейд. Внезапно на Кано, Коула и Соню нападает Рептилия, посланный Шан Цзуном. В ходе схватки Кано удаётся освободиться от цепей и наручников, которыми его сковала Соня, и победить Рептилию, вырвав его сердце.
Соня предлагает всем отправиться в храм к Райдэну, причём Кано соглашается провести остальных только за три миллиона долларов (обещанных Соней несмотря на то, что у неё их нет). Все трое направляются на самолёте друзей Кано в сторону храма и высаживаются в пустыне. В пути Кано задирает Соню из-за отсутствия метки и говорит, что её можно заполучить, убив носителя, но после короткого поединка Соня оставляет его в живых. Затем в пустыне появляется молодой китаец, представившийся Лю Каном, который обладает особыми навыками — испускает огненные шары, порождает руками огонь и управляет им. Лю Кан приводит друзей в храм к Райдэну, который заявляет визитёрам, что они не готовы к решающему турниру и что им нужно немедленно приступать к тренировкам, чтобы найти и развить свои собственные особенные навыки — «арканы».
Лю Кан и Кун Лао, старший товарищ Лю Кана и потомок великого одноимённого чемпиона, занимаются подготовкой подопечных. В ходе одной из перепалок с ними Кано пробуждает свою аркану — стрельба лазерным лучом из глаза. У Коула, в свою очередь, аркану пробудить не получается. Соня обнаруживает в храме Джакса, которого нашёл Лю Кан после боя с Саб-Зиро и привёз в храм для лечения и подготовки к турниру. Бриггсу устанавливают слабые металлические руки-протезы. В храм является Шан Цзун в компании Саб-Зиро и Милины. Райдэн заявляет чародею, что не допустит нападения на своих подопечных до начала турнира и защищает храм с помощью статуи дракона. Шан Цзун с компанией уходят ни с чем. Райдэн также видит, что у Коула не получается раскрыть свою аркану, и целенаправленно отправляет его домой к семье.
Шан Цзун устраивает во Внешнем мире собрание своих воинов (Саб-Зиро, Милины, Нитары, Рейко и Кабала), в ходе которого Кабал заявляет, что хорошо знаком с Кано, указывая, что последнего можно склонить на свою сторону. На собрании также появляется принц Горо, что сильно радует колдуна. Кабал является к Кано и уговаривает бывшего главаря Чёрных драконов предать своих спутников и лазером уничтожить статую дракона для снятия защиты храма. Кано предаёт свою команду, и воины Шан Цзуна во главе с чародеем нападают на храм. Нитара гибнет от шляпы Кун Лао (воин разрезает вампиршу пополам), но после этого Шан Цзун высасывает его душу. Джаксу удаётся пробудить свою аркану, и его тонкие руки становятся мощными, способными удержать булыжник больше человека. Одновременно Горо нападает на Коула и его семью. В процессе схватки Коулу удаётся пробудить свою аркану: у него появляется броня, которая поглощает энергию нанесённых ударов и преобразует в силу носителя, а также позволяет создать холодное оружие. Коулу удаётся убить Горо.
Райдэн, наблюдая за происходящим, перемещает всю команду в своё личное защищённое пространство между Земным и Внешним мирами. Коул предлагает Райдэну переместить их обратно для схватки с бойцами Шан Цзуна, чтобы застать их врасплох. Райдэн соглашается и, сказав Янгу, что он потомок Хандзо Хасаши, отдаёт ему копалку с кровью Хандзо, которая позволит ему призвать дух предка, после чего перемещает героев для боя согласно плану Коула: Рейко против Джакса, Соня против Кано, Лю Кан против Кабала, а сам Коул вышел сражаться против Милины; на Саб-Зиро они решают напасть после этого вместе. Герои, хоть и не без труда, успешно справляются со своими оппонентами. Метка Кано переходит Соне, и она быстро развивает свою аркану: стрельбу энергетическими кольцами из рук. Пока герои сражаются, Саб-Зиро похищает жену и дочь Коула, замораживает и вызывает на бой в его зале. Во время схватки с Саб-Зиро Коул хватается за пику Хандзо, из-за чего появляется ниндзя в чёрно-жёлтом костюме, называющий себя Скорпионом, которым впоследствии оказывается сам Хандзо. Скорпион немедленно вступает в бой с Саб-Зиро. В процессе схватки Скорпион размораживает жену и дочь Коула, Саб-Зиро же снимает броню и остаётся в чёрном трико. Коулу и Скорпиону удаётся совместными усилиями одолеть его. Скорпион, видя обессиленного Саб-Зиро, говорит, что всё это время он находился в преисподней и научился управлять адским пламенем, и сжигает Би Хана.
После поражения Саб-Зиро вновь появляется Шан Цзун и заявляет, что у него есть ещё много бойцов и что скоро он направит армии на Землю, после чего Райдэн прогоняет его, телепортировав во Внешний мир. Райдэн напоминает героям, что турнир совсем близко и что нужно найти ещё несколько избранных согласно имеющемуся у него новому списку. В конце фильма Коул уходит из смешанных единоборств, рассказывая своему менеджеру, что собирается отправиться в Голливуд. Как потом становится ясно из плакатов в раздевалке, Янг собирается навестить следующего избранного — звезду боевиков Джонни Кейджа.
