Сюжет
Фильм начинается с пролога, в котором опытный португальский иезуитский священник Криштован Феррейра становится свидетелем пыток японских новообращённых, которым он пытался донести христианскую веру. Священник беспомощен в присутствии японских властей, применяющих пытки, и никак не может уменьшить боль обращённых.
Несколько лет спустя в колледже Святого Павла в Макао итальянский иезуитский священник Алессандро Вальиньяно получил известие о том, что Феррейра в Японии отрёкся от веры после пыток. Не веря данному известию, ученики Феррейры, молодые иезуитские священники Себастьян Родригес и Франсиско Гарупе, отправляются на его поиски. Китидзиро, рыбак-алкоголик, который бежал из Японии, чтобы спастись, соглашается сопроводить священников. Через некоторое время иезуиты узнают, что вся семья Китидзиро была убита, и он отрёкся от христианства.
Прибыв в Японию в деревню Томоги, священники испуганы, обнаружив, что местное христианское население тайно исповедует религию и живёт в страхе перед человеком, которого жители называют «Инквизитором». Затем оба священника приходят в ужас, увидев, как японские чиновники, разыскивающие тайных христиан, привязывают нескольких жителей деревни к деревянным крестам на берегу океана, где те в конечном итоге тонут. После этого тела кремируют на погребальном костре, что делается, как понимают священники, для того, чтобы утопленников не могли похоронить по христианским обычаям.
Гарупе отправляется на остров Хирадо, полагая, что присутствие священников заставляет сёгуна терроризировать деревню. Родригес отправляется на остров Гото, последнее место, где жил Феррейра, и находит его разрушенное жилище. Блуждая по Гото, он всё больше чувствует отчаяние. Затем он воссоединяется с Китидзиро, который предаёт его в руки самураев. Пожилой самурай, который выступает в качестве переводчика, говорит Родригесу, что другие схваченные христиане пострадают, если он не откажется от своей веры.
Родригеса отправляют в Нагасаки, где он находится в заключении со многими новообращёнными японцами. На суде ему говорят, что католическая доктрина запрещена в Японии. Родригес требует встречи с Инквизитором, губернатором Иноуэ Масасигэ. Но, как оказывается, старик, сидящим перед ним и являющийся главой суда, и есть Инквизитор. Родригес возвращается в тюрьму, и вскоре Китидзиро также оказывается в тюрьме. Он объясняет Родригесу, что судебные чиновники угрожали ему, чтобы он предал Родригеса. Китидзиро настаивает на том, что он христианин, и просит на исповеди простить его грехи, что священник неохотно делает. Позже он был освобождён после того, как ему приказали наступить на фуми-э (подобие христианских образов), что символизирует отказ от веры. Позже Родригеса приводят под охраной на берег, чтобы дождаться кого-то. Вдалеке он видит истощённого Гарупе и четырёх других заключённых. Четырёх заключённых отвозят в море на маленькой лодке и выбрасываются из лодки по одному, чтобы заставить Гарупе отказаться от своей веры. Родригеса держат охранники на берегу, он видит, что Гарупе не отрекается от веры. Затем Родригес видит, как Гарупе бросается в воду отчаянно пытается спасти последнего заключённого, но тонет вместе с четырьмя другими заключёнными.
Через некоторое время Родригесу позволяют встретиться с постаревшим Феррейра. Феррейра говорит, что отказался от веры после пыток, и заявляет, что после 15 лет в стране и одного года пребывания в храме он считает христианство бесполезным в Японии. Родригес отказывается верить, но Феррейра непреклонен. Той ночью в своей тюремной камере Родригес слышит, как пять христиан подвергаются пыткам. Феррейра говорит ему, что они уже отказались от веры; теперь осталось отказаться только Родригесу. Родригес задаётся вопросом, не эгоистично ли отказаться отречься, зная, что отречение положит конец страданиям других. Когда Родригес смотрит на фуми-э, он слышит внутренний голос и принимает его за голос Христа. Голос разрешает наступить на изображение, что Родригес и делает.
Спустя годы, после смерти Феррейры, Китидзиро просит Родригеса снова простить его грехи, но Родригес отказывается, говоря, что он больше не священник. Китидзиро позже поймали с мешочком с религиозным амулетом внутри. Китидзиро утверждает, что это не его мешочек, а он его выиграл в азартные игры. Китидзиро уводят, больше о нём никогда не слышали. Много лет спустя Родригес умирает. Его тело помещают в большую круглую деревянную бочку и кремируют. В руке Родригеса лежит крошечное грубо сделанное распятие, которое ему дали, когда он впервые приехал в Японию.
