Сюжет
Неизвестный похищает образцы секретного Т-вируса из лаборатории и во время побега умышленно разбивает одну колбу со штаммом. Срабатывает система защиты, центральный компьютер во избежание распространения вируса убивает всех работников комплекса. Главная героиня, Элис, приходит в себя в ду́ше огромного особняка, при этом не помня ничего из своего прошлого. Во время осмотра помещений она встречает Мэтта Эдисона, представившегося полицейским, затем в особняк проникает отряд коммандос, в число которых входят Первый, Рэйн Окампо, Чед Капплан, Джей Ди и другие. Командир отряда пытается узнать у Элис информацию о происходящем и, поняв, что она потеряла память, берёт её и полицейского с собой. Спецназ уходит вглубь особняка через стеклянную дверь, замаскированную под зеркало, и двигается к поезду. Рэйн восстанавливает питание вагона, после чего Элис, Мэтт и отряд коммандос уезжают. Во время поездки в поезде они находят некоего Спенсера, который также потерял память. У Элис начинают появляться воспоминания, связанные со Спенсером, и она приходит к выводу, что они были женаты. После того как группа добралась до подземной лаборатории под названием «Муравейник», их присутствие обнаруживает центральный компьютер «Красная королева».
Первый объясняет Элис, что поезд доставил их в «Муравейник» — секретную лабораторию корпорации Umbrella, расположенную под городом Раккун-сити, в которой велись исследования вирусов. Элис и Спенсер — оперативные работники корпорации, которые жили в особняке, являющимся запасным входом в лабораторию. Их брак был прикрытием для охраны секретов Муравейника. Некоторое время назад «Красная королева» взбунтовалась и убила весь персонал. Компания выслала спецотряд, чтобы отключить систему. Система безопасности выпустила в особняк нервно-паралитический газ, который и стал причиной амнезии. Ситуация осложняется тем, что отключить систему необходимо в течение определённого времени, по истечению которого единственный выход из "Муравейника" будет запечатан. И если герои замешкаются, то останутся погребёнными заживо. Добираясь до покоев «Красной королевы», погибают командир спецназа и трое солдат, попав в ловушку в коридоре с лазерами. В живых остаются только Элис, Спенсер, солдат Каплан, Мэтт, Рэйн и Джей Ди. Элис и Каплан, несмотря на все уговоры «Красной королевы», отключают её. В результате все закрытые двери открываются, выпустив на свободу весь персонал, обратившийся под воздействием вируса в зомби. Они нападают на выживших людей и один из них кусает Рэйн. В результате жестокой схватки погибает Джей Ди, а Элис и Мэтт отделяются от группы.
Элис узнаёт, что Мэтт — разыскиваемый по всей стране человек. Он пытался получить образец экспериментального вирусного оружия под названием Т-вирус с помощью своей сестры Лизы. Этот вирус, который разрабатывался компанией Umbrella с целью восстановления мёртвых клеток, стал причиной возникновения зомби. Элис вспоминает, что Лиза была её партнёром, но не может понять свою роль в прошедших событиях. Выжившие вновь собираются в покоях «Красной королевы», где они возвращают её к жизни и просят совета. «Королева» рассказывает о природе зомби и эффективных способах их убийства.
Когда Элис и команда пробираются по канализационным туннелям, на них нападают зомби. Каплан отстаёт от команды и оказывается окружён мертвецами. Элис вспоминает, что существует антивирус, который может спасти Рэйн, но, придя в лабораторию, они не находят его образец. Неожиданно к Элис и Спенсеру возвращается память. Оказывается, что именно Спенсер украл вирус и вызвал катастрофу в лаборатории. Он закрывает всех в лаборатории, а сам убегает. Возле поезда на Спенсера нападает монстр-мутант Лизун. «Красная королева» предлагает Элис и Мэтту помощь, но взамен просит убить инфицированную Рэйн. Положение осложняется тем, что в лабораторию рвётся Лизун, убивший Спенсера и мутировавший под действием новой ДНК. Элис ударяет по монитору, расположенному на стене, «Красная королева» внезапно отключается, дверь открывается и появляется сбежавший от зомби Каплан. Он и отключил систему.
Все герои возвращаются к поезду. Элис добивает топором мутирующего Спенсера, забирает чемодан с вирусом и антивирусом и бросает на пол своё обручальное кольцо. Все садятся в поезд и уезжают из лаборатории. Элис вводит Рэйн и Каплану антивирус. Неожиданно на поезд нападает Лизун, который убивает Каплана и наносит ранение Мэтту. Элис удаётся пригвоздить язык Лизуна к полу. Мэтт собирается открыть люк, чтобы скинуть Лизуна с поезда, но на его пути встаёт Рэйн, которая всё же обратилась в зомби. Мэтту приходится убить её. Её тело падает на кнопку и приводит в действие механизм открытия люка, в результате чего Лизун падает на шпалы и погибает.
Мэтт и Элис входят в особняк, а позади них запираются двери в лабораторию. Неожиданно Мэтт, раненый Лизуном, начинает мутировать из-за вируса, попавшего ему в кровь при ранении. Элис собирается ввести ему антивирус, но в особняк врываются учёные корпорации Umbrella и уводят их в разных направлениях. Перед тем как потерять сознание, Элис смогла расслышать разговор, из которого становится ясно, что компания намерена вновь вскрыть «Муравейник». Позже Элис просыпается в больнице города Раккун. Главная героиня выбирается на улицу и видит кругом разрушение и запустение. Заголовок одной из газет: «Мёртвые идут». Она подходит к ближайшей полицейской машине, забирает оттуда дробовик и передёргивает затвор.
