Сюжет
Проходит пять лет после выхода на пенсию Агента Кея из секретного агентства людей в черном, базирующегося в Нью-Йорке, и контролирующего жизнь инопланетян на земле. Агент Джей - бывший напарник Кея, ставший его заменой, расследует убийство инопланетянина по имени Бен, работавшего в своей пиццерии. Официантка, Лаура Васкес, рассказывает ему, что убийцы это Серлина, растенеподобное существо из расы Килотиан, способное менять форму, трансформировавшаяся в модель нижнего белья, и ее двуглавый слуга Скрад и Чарли. Лаура говорит, что они искали что-то под названием Свет Зарта. Джей испытывает сильную симпатию к Лоре и, нарушая правила Людей в черном, не стирает ее воспоминания.
Джей пробует выяснить, что за Свет Зарта такой, но внезапно оказывается, что о Свете Зарта мало что известно, кроме того, что это очень мощная штука. В расследовании все нити ведут к агенту Кею, который с промытыми мозгами работает на почте где-то в Массачусетсе. Джей приезжает к нему и убеждает того в существовании инопланетян просто показав ему, что все его коллеги-почтальоны - инопланетяне. Они возвращаются в Нью-Йорк, однако во время процесса восстановления памяти, Серлина вместе со Скрэдом и Чарли начинают атаку на штаб-квартиру Людей в черном, и память Кею восстановить не удается. Удрав из здания, Джей предполагает, что устройство по восстановлению мозгов может быть у Джека Джебса, известного инопланетного торговца всякой нелегальщиной. Кей восстанавливает свои воспоминания, но вспоминает, что за много лет до этого он уже специально использовал нейтрализатор, чтобы стереть то, что он знал о Свете Зарта, и эти воспоминания не вернулись. Однако он оставил себе ряд подсказок.
В пиццерии они находят ключ от шкафчика, который открывает шкафчик на Центральном вокзале, где общество крошечных инопланетян, которые поклоняются Кею как своему божеству, охраняет свои самые священные реликвии: наручные часы Кея и членский билет видеомагазина. Джей и Кей боятся за безопасность Лоры и прячут ее у червей-кофеманов. Из шкафчика они забирают вещи Кея, заменяют его часы на часы Джея (и это заставляет пришельцев начать поклоняться Джею) и направляются в видеомагазин. В магазине, Джей и Кей смотрят вымышленный любительский фильм о свете Зарта, в котором рассказывается, что королева Зартан Лорана давно доверила Людям в черном охрану Света от ее заклятого врага, Серлины, которая последовала за Лораной на Землю, и убила ее. После того, как Кей спрятал Свет, он, пораженный горем утраты женщины, которую любил, стер себе воспоминания, чтобы похоронить свои чувства и обеспечить безопасность Света. Кей до сих пор не может вспомнить, где он это спрятал, и как на самом деле выглядит Свет. Думая, что это может быть браслет Лоры, он так же вспоминает, что Свет Зарта должен вернуться на его планету, иначе Земля и Зарта будут уничтожены.
В квартире червей они обнаруживают, что Лора была похищена Серлиной. С помощью червей они контратакуют штаб-квартиру Людей в черном, освобождая Лору и других агентов. Серлина пытается отомстить, преследуя их на космическом корабле через Нью-Йорк, но ее съедает Джефф, гигантский инопланетный червь, живущий в метро Нью-Йорка.
Браслет Лоры приводит Джея и Кея на крышу небоскреба, где стоит корабль, чтобы доставить Свет обратно в Зарту. Тут они понимают, что Лора - дочь Лораны и Свет Зарта. Кей убеждает Джея И Лору, что она должна отправиться в Зарту, чтобы спасти свою планету и Землю от разрушения. Серлина, которая впитала Джеффа и приняла его форму, пытается схватить корабль, несущий Лору, когда он поднимается, но Джей и Кей взрывают ее. Поскольку весь Нью-Йорк только что стал свидетелем этой битвы в небе над мегаполисом, К активирует гигантский промыватель мозга в факеле Статуи Свободы.
Вернувшись в штаб-квартиру, Кей и Шеф Зед, надеясь поднять настроение разбитому горем Джею, перемещают крошечных инопланетян, живущих в шкафчиках, в шкафчик Джея у «Людей в черном». Когда Джей предлагает показать миниатюрным существам, что их вселенная больше, чем шкафчик, Кей показывает Джею, что человеческая вселенная сама является шкафчиком на огромной железнодорожной станции пришельцев.
