Сюжет
Доктор Роботник пытается сбежать с грибной планеты, когда прибывает ехидна Наклз, обещающий помочь Роботнику вернуться на Землю в обмен на то, что он сообщит ему местонахождение ежа Соника.
Тем временем на Земле Соник пытается помочь обществу в качестве мстителя, но безуспешно. Его друг Том Ваковски советует Сонику набраться терпения и ждать того дня, когда его силы понадобятся. Когда он отправляется со своей женой Мэдди на свадьбу Рейчел на Гавайи, Соник вновь встречает Роботника в сопровождении Наклза, который нападает на него и требует назвать местонахождение легендарного Мастер Изумруда, упоминание о котором заинтересовало Роботника, но лисёнок Тейлз, который может использовать свои хвосты для полёта, помогает ему сбежать. Тейлз рассказывает, что наблюдал за Соником с его самостоятельно изобретенными гаджетами с тех пор, как последний получил электромагнитный импульс, и стал свидетелем его храбрости в битве с Роботником. Впечатленный его гениальностью, Соник убеждает Тейлза помочь ему добраться до Мастер Изумруда первым, в то время как Роботник помогает Наклзу выполнить ту же задачу и воссоединяется с агентом Стоуном.
Соник и Тейлз, используя старую карту с секретным посланием совы Длинный Коготь, определяют местонахождение изумруда в Сибири, где находят компас и старый храм, но Роботник и Наклз нападают на них, во время чего Наклз узнает, что он единственный выживший из племени ехидн, которое погибло вместе с Совами и намеревалось убить его в отместку. Когда начинается сход лавины, Роботник и Наклз уходят с компасом, а Соник зовет Тома сделать кольцевой портал, чтобы спасти их. Когда Соник знакомит Тома с Тейлзом, участники свадьбы, которые оказались секретными агентами, работающими на недавно созданные Отряды Стражей Наций (GUN), расследующие местонахождение Соника, захватывают всех троих.
Мэдди и Рейчел спасают Соника, Тейлза и Тома из-под стражи GUN, используя гаджеты Тейлза, в то время как Роботник и Наклз находят подводный храм, содержащий Мастер Изумруд. Храм пробуждается, предупреждая Соника и GUN об угрозе Роботника. Соник отправляется в храм один и снова вступает в бой с Наклзом, но Роботник крадет изумруд и оставляет Наклза умирать вместе с Соником в разрушающемся храме. Однако Соник и Наклз выбираются из храма, мирятся и соглашаются работать вместе, чтобы победить Роботника, пока Тейлз спасает их на биплане.
В Green Hill Роботник, усиленный изумрудами, уничтожает силы GUN и создает гигантскую меха-версию самого себя. Соник, Тейлз и Наклз вместе побеждают его и возвращают себе Мастер Изумруд, но реликвия разбивается. Том и Мэдди спасают Соника, но Роботник, используя резервную энергию меха, уничтожает машину и пытается раздавить их. Соник использует Изумруды Хаоса, появившиеся из Мастер Изумруда, чтобы превратиться в Супер Соника и спасти пару. С помощью своей новой силы Супер Соник уничтожает меха-версию Роботника, которая разбивается, а Роботник остаётся там. Соник заканчивает катастрофу, возвращается к нормальной жизни и отдает изумруды Хаоса Наклзу, чтобы тот воссоздал Мастер Изумруд. Поскольку совы и ехидны вымерли, Соник, Тейлз и Наклз решают хранить Мастер Изумруд в холодильнике, пока живут у Ваковски.
В сцене после титров GUN безуспешно пытаются найти тело Роботника в катастрофе, когда они натыкаются на спрятанный файл 50-летней давности под названием «Project Shadow», а в другом месте открывается капсула, содержащая чёрно-красного ежа.
