Сюжет
Во флешбэке, где события происходят между некоторыми событиями первого фильма «Шрек», родители принцессы Фионы отправились в далёкие земли, где обитали заброшенные ведьмы и их предводитель Румпельштильцхен (Румпель). Так как им надоело ждать подходящего момента, когда Фиона будет освобождена, они просят Румпельштильцхена освободить Фиону от злых чар, а тот взамен требует переписать на него Тридевятое королевство. Родители любят Фиону больше всего на свете и готовы на всё ради её спасения, поэтому им приходиться согласиться с условиями Штильцхена — он обещал, что «все их проблемы тут же исчезнут». Но когда они начали подписывать контракт, один из людей Лиллиан и Гарольда говорит им, что их дочь освобождена, чем срывает все планы злодею. Румпельштильцхен от злобы теперь решительно настроен избавиться от Шрека раз и навсегда.
Шрек становится знаменитостью (он же спас королевство, нашёл нового короля, стал легендарным огром-героем, и даже вернул королевству мир и покой) — около его болота каждый день проходят экскурсии, а крестьяне становятся в очереди, чтобы взять у него автограф. Но всё это не радует Шрека. Доведённый рутиной жизни до тихого отчаяния, Шрек в приступе гнева на вечеринке в честь дня рождения своих детей ударяет по торту и после этого ссорится с Фионой.
Подслушавший их разговор Румпельштильцхен подстраивает знакомство со Шреком и предлагает ему контракт: Шрек отдаёт ему день из своей прошлой свободной жизни, а взамен может «чуть-чуть для себя пожить». Румпельштильцхен обещает ему, что когда этот день закончится, Шрек «будет чувствовать себя совсем другим огром» и забирает день из его детства, не уточнив, какой именно.
Подписав контракт, Шрек оказывается в альтернативной реальности, в которой сначала развлекается от души, пугая людей. Затем в иссохшем болоте (где должен был находиться дом Шрека) его ловят ведьмы. Сначала они его усыпляют, потом Шрек просыпается в клетке-телеге, которую везёт обросший Осёл, который его не узнаёт. Шрек попадает в плен к Румпельштильцхену, ставшему диктатором благодаря тому самому контракту с королём и королевой (подписав контракт, они растворились в воздухе, оставив после себя короны). Оказалось, что Румпельштильцхен забрал день рождения Шрека, и теперь всё пошло по-другому; мало того, что у Шрека нет ни жены, ни детей, ни друзей, так ещё нет и его самого. Но загвоздка контракта в том, что жизнь Шрека в альтернативной версии Тридевятого королевства длится ровно 24 часа. А раз Шрек никогда не рождался, то вместе с наступлением следующего дня наступит и конец ему самому.
Шрек сбегает, забрав с собой Осла. Не без труда завоевав его дружбу, Шрек узнаёт от него, как расторгнуть контракт: он должен успеть поцеловать свою истинную любовь. Шрек ищет Фиону и наконец встречается с ней — предводительницей племени огров, объявленных вне закона и ведущих партизанскую войну против Румпельштильцхена, когда Осёл попадает в плен. Фиона мечтает о революции, свержении Румпельштильцхена, и свободе для огров. Разумеется, она не знает Шрека — в этом мире его никогда не было, и из плена Фиона спаслась сама. Её проклятие осталось при ней, хотя среди огров проклятием считается её дневной, человеческий облик. Фиона поначалу отвергает попытки ухаживания Шрека, но постепенно проникается к нему доверием.
Однако в ночь, когда Фиона планировала решающий бой, огров берёт в плен Гамельнский крысолов, нанятый Румпельштильцхеном. Шреку и Фионе удаётся бежать — при поддержке Осла и Кота в сапогах, который в этом мире жил у Фионы, растолстел, обленился и, до встречи со Шреком, был вполне доволен ролью домашнего любимчика. Фиона отправляется на освобождение огров. Шреку удаётся добиться поцелуя Фионы, но то не есть поцелуй истинной любви, а потому сначала ничего не происходит. Шрек с ужасом понимает, что у него была идеальная жизнь и фактически он собственными руками её и уничтожил. Румпельштильцхен опасается расторжения договора поцелуем с Фионой и обещает исполнить любое желание того, кто приведёт Шрека. Шрек, жертвуя собой ради Фионы, сам приходит и требует освободить всех огров, его просьба удовлетворяется: все огры освобождены кроме Шрека и… Фионы, поскольку она не совсем огр.
На свободе Осёл, Кот и огры организуют план спасения Шрека и Фионы — они незаметно проникают во дворец Румпельштильцхена в его новом любимом шаре (старый был уничтожен Шреком во время побега из дворца с Ослом). После чего происходит грандиозное сражение с участием Драконихи, которой Румпель хотел скормить Шрека и Фиону, а также освобождённых огров против ведьм, которое приводит к поражению Румпельштильцхена. Но тем временем день Шрека уже практически подходит к концу и он начинает постепенно исчезать. Он рассказывает Фионе об их семье и детях, показывая ей куклу их дочери. Фиона понимает, что любит Шрека, и целует его до того, как он полностью исчезнет. Поцелуй настоящей любви уничтожает мир без Шрека и возвращает всё на круги своя. Шрек снова попадает на вечеринку как раз в тот момент, когда должна была начаться ссора, и понимает, насколько ему дорого то, что он имеет.
На DVD финал мультфильма был продлён: Румпельштильцхен сидит в клетке (весь мир перезагрузился, так как в оригинальном измерении он был на свободе, но нищим попрошайкой, а в перезагруженном оказывается ещё и заперт) и танцует под флейту Крысолова, а Фиона своим пением заставляет его питомца, гусыню Фифи, взорваться. Потом все огры и сказочные создания купаются в грязи.
