Сюжет
В предыстории фильма говорится о принцессе Муанне. Прельстившись рассказами о красоте подлунного мира, она сбежала из волшебной страны, потеряла дорогу назад и погибла. Однако её отец-король открыл множество потаённых дверей по всему миру и ждёт, когда его вновь родившаяся дочь вспомнит о своей семье и вернётся домой.
1944 год. Власть Франко утвердилась по всей Испании. Тем не менее, разрозненные группы партизан продолжают борьбу с диктатурой. Для их ликвидации правительство создаёт специальные карательные отряды. Капитан Видаль — глава одного из таких отрядов. Он и его люди обосновались на старой мельнице в провинциальной глубинке. Видаль жесток, исполнителен и беспощаден ко всем, кроме собственных солдат и людей из светского общества, интересы которых защищает. Главной его целью является поиск и уничтожение партизанских группировок в горах.
По требованию Видаля к нему приезжает его беременная жена Кармен, а вместе с ней её дочь от первого брака — Офелия. Родной отец Офелии погиб на войне. Капитан Видаль удочерил девочку, но не пытался её полюбить. Он хочет только сына, и ради этого готов терпеть рядом с собой чужого ребёнка.
В день прибытия в лагерь Видаля Офелия знакомится с его домработницей Мерседес и находит неподалёку от мельницы руины каменного лабиринта. Ночью к Офелии прилетает фея и уводит её в центр лабиринта. Там девочка встречает Фавна — древнее магическое существо. Фавн сообщает Офелии, что на самом деле она принцесса Муанна из волшебной страны, и что это её второе и последнее рождение в подлунном мире. До наступления полнолуния она может вернуться к своему отцу-королю, но для этого нужно пройти три испытания. На прощание Фавн даёт Офелии волшебную книгу, которая должна направлять её.
Первое испытание — спасти зачахшую смоковницу от гигантской жабы, поселившейся в её корнях. Для этого Офелия должна скормить жабе три волшебных камешка.
На следующий день на мельнице планируется встреча важных гостей. Пока светское общество празднует, Офелия тайком сбегает из дома в лес. Волшебная книга указывает ей путь к смоковнице. Пробравшись сквозь трещину в стволе, Офелия уползает по грязному тоннелю к самым корням, где сталкивается с огромной жабой. Взяв одну из мокриц, девочка предлагает её жабе. Та слизывает мокрицу языком с ладони, а вместе с ней и три камешка. После этого жабу выворачивает наизнанку, и она изрыгает склизкую массу, в которой Офелия находит ключ.
В разгар праздника Офелия возвращается на мельницу вся в грязи. Мерседес купает девочку в ванной и та рассказывает ей о встрече с Фавном. Женщина, конечно, не верит ребёнку, но шутливо предупреждает, что доверять магическим существам опасно. Оставшись одна, Офелия открывает волшебную книгу и на страницах проявляется картинка с текстом второго задания.
Второе испытание — проникнуть в расположенное между мирами подземелье и открыть ключом тайник.
Внезапно из соседней комнаты раздаётся крик матери. Страницы книги наполняются кровью. У Кармен начинается сильное кровотечение. Видаль требует позвать доктора. Добродушный доктор Феррейро, в чьи обязанности входит наблюдение за женой капитана, останавливает кровь и даёт Кармен успокоительное. Офелию, по совету доктора, отселяют от матери в другую спальню.
На следующее утро капитан Видаль и его отряд преследуют партизан. В лесу на месте их привала он находит ампулу с антибиотиком и понимает, что повстанцам помогают местные. По возвращении на старую мельницу Видаль конфискует все продукты и медикаменты, запирая их на складе. Мерседес отдаёт капитану ключ от висячего замка, но оставляет один дубликат себе. Ночью она отводит доктора в лагерь партизан. Оказывается, глава партизан — родной брат Мерседес, и она всё это время помогала им, шпионя за Видалем и его подчинёнными.
Ночью приходит Фавн, недовольный тем, что принцесса не приступила к выполнению второго задания. Узнав о болезни её матери, Фавн даёт Офелии корень мандрагоры. Волшебное растение достаточно поместить в блюдце с молоком, поставить под кровать женщины и ежедневно подкармливать двумя каплями крови. Кармен поправится, а Офелию ничто не будет отвлекать от выполнения заданий.
Перед уходом Фавн отдаёт ей волшебный мел, способный открывать потаённые двери, и предупреждает, что существо, с которым та столкнется — не человек. В подземелье будет много яств и фруктов, но к ним нельзя прикасаться и тем более есть. Выполнить задание ей помогут три феи, которых Фавн носит с собой в закрытом тубусе.
Нарисовав мелом на стене дверь, Офелия пробирается в подземелье. В конце коридора она видит большой зал с длинным столом, во главе которого сидит слепое существо — Бледный человек. Его глаза лежат на блюдце. Феи находят три дверцы в стене. Офелия выбирает крайний левый тайник, несмотря на то, что феи указывают на другой, и достаёт оттуда золотой кинжал.
Перед уходом Офелия поддаётся соблазну и съедает несколько виноградин, пренебрегая предостережениями фей. Бледный человек моментально оживает, вставляет глаза в прорези в ладонях и начинает искать девочку. Феи успевают предупредить Офелию об опасности, и отвлекают монстра пока та убегает, в результате чего две из них оказываются съеденными этим монстром. Бледный человек преследует её, но девочке удается сбежать, закрыв дверь перед самым носом чудовища.
Фавн, узнав о трагедии, впадает в ярость. Добытый кинжал его не интересует. Задание провалено. Теперь Офелия уже никогда не вернётся домой. Пригрозив ей тяжелой жизнью и неизбежной смертью вдали от родного королевства, он уходит.
Утром партизаны пускают под откос поезд. Прибыв на место с отрядом, Видаль узнаёт, что все товары целы. Это был отвлекающий манёвр. В их отсутствие партизаны напали на старую мельницу и ограбили склад. Вернувшись на позиции, Видаль обнаруживает, что часть его людей перебита, склад вскрыт и всё из него украдено. Однако замок на двери не был сломан. Его открыли ключом.
Настигнув группу партизан в лесу, Видаль и его люди расправляются со всеми, кроме одного. Его отводят в амбар и долго пытают, после чего вызывают доктора Феррейро. Видаль требует привести пленного в чувство, дабы он мог возобновить допрос. В отсутствие капитана, по просьбе умирающего, Феррейро делает пленному смертельную инъекцию. Вернувшись в амбар и обнаружив мёртвого пленника, Видаль спрашивает доктора, почему тот не подчинился, ведь тем самым он подписал себе смертный приговор. Доктор Феррейро отвечает, что исполняют приказы такие люди как сам Видаль, после чего уходит и спокойно принимает собственную смерть. Капитан убивает его выстрелом в спину.
Позже Видаль видит, как Офелия «кормит» корень мандрагоры под кроватью. Детские игры девочки его раздражают. Мать отчитывает дочь, упрекая её в том, что та не видит реального мира, что жизнь жестока и пора забыть о сказках. В отчаянии Кармен бросает мандрагору в камин. После гибели корня у неё начинаются преждевременные роды, и она вскоре умирает. Капитан получает новорожденного сына, как того хотел, и без особого сожаления хоронит жену. После похорон Офелию готовят к отъезду и на ночь запирают в комнате.
Вызвав к себе Мерседес, капитан предлагает ей выпить, но женщина отказывается. Тогда он посылает её на склад за новой бутылкой. Мерседес, не спросив ключа, уходит. С этого момента Видаль понимает, на чьей она стороне и кто открыл замок для партизан.
Вскоре Мерседес забирает из тайника письма, чтобы отнести их партизанам, и идёт в лес, где её настигает капитан с подчинёнными. Мерседес приводят в амбар и готовят к пыткам. Только Видаль остаётся с ней наедине. Мерседес перерезает верёвки ножом, спрятанным в складке фартука, и ранит капитана, но далеко ей убежать не удается. Погоня настигает женщину на поляне. Только подоспевшее вовремя подкрепление партизан во главе с братом спасает её от гибели.
Всё это время Офелия сидит в комнате одна. Неожиданно появляется Фавн и даёт ей последний шанс на спасение. Третье испытание — она должна выкрасть у капитана своего новорождённого брата и принести его в центр лабиринта.
Ночью будет полнолуние и это её последний шанс вернуться домой. Офелия сбегает из комнаты, используя волшебный мел. Она подливает в выпивку Видалю успокоительное и пытается незаметно унести младенца, но внезапная атака на мельницу партизан привлекает внимание капитана. Обернувшийся на звук взрыва, он замечает Офелию с ребёнком и преследует её до лабиринта.
Стены расступаются перед девочкой, позволяя ей беспрепятственно достигнуть центра, пока Видаль пытается её отыскать среди каменных коридоров. В центре лабиринта Офелию ждёт Фавн. В руке у него кинжал. Теперь осталось только пролить каплю крови невинного младенца, чтобы открыть врата в волшебную страну. Офелия отказывается отдать ему брата, даже если это приведет её к гибели в подлунном мире. Вскоре появляется Видаль. Он видит, что девочка разговаривает с кем-то невидимым, держа в руках его сына. Отобрав ребёнка, капитан стреляет Офелии в живот и уходит.
На выходе из лабиринта Видаля окружают партизаны. Капитан торжественно вручает Мерседес младенца, достаёт часы отца и просит в будущем рассказать сыну как он погиб. Мерседес жестоко отклоняет последнюю просьбу тирана, отвечая, что мальчик даже имени его не узнает. Изумленный Видаль получает пулю в лицо и падает замертво.
В центре лабиринта Мерседес и партизаны находят смертельно раненную Офелию. Взяв девочку на руки, Мерседес напевает ей колыбельную. Внезапно Офелия слышит голос своего настоящего отца — короля волшебного мира и попадает в роскошный тронный зал. Чудеса, которые она видела, и сказки, в которые верила, оказались правдой. Она действительно принцесса Муанна, правительница сказочной страны. Отец говорит ей, что она свободна от оков земного тела и может по праву занять своё место на троне возле него и королевы. Очутившийся рядом Фавн подтверждает, что последнее испытание заключалось в том, сможет ли Офелия преодолеть искушение пожертвовать чужой жизнью в угоду себе. Таким образом, пройдя третье испытание, она спасла себя и стала править волшебной страной вместе с родителями.
Умирая на руках у Мерседес, Офелия улыбается в последний раз и становится бессмертной в подземном королевстве. В последней сцене говорится о благополучной судьбе принцессы Муанны и о следах её пребывания в нашем мире, таких как распустившийся цветок на сухой ветке смоковницы.
