Сюжет
Действие фильма разворачивается в 1964 году в католической церковной школе в Бронксе (Нью-Йорк, США). Директор школы, строгая и требовательная монахиня конгрегации сестры милосердия Элоиза Бовье, теряется в смутных сомнениях относительно отца Флинна, священника церкви, при которой существует школа. Она собирает своих преподавательниц (также монахинь) и намекает им, что со священником что-то не в порядке и что они должны быть бдительными и сообщать ей о всём, что им покажется странным или необычным. Вместе с тем, Элоиза отказывается объяснить, что именно она имеет в виду. Сёстры теряются в догадках, но покорно следуют её указаниям.
Однажды сестра Джеймс, молодая и наивная учительница школы, становится свидетельницей необычно близких, как ей показалось, отношений между отцом Флинном и одним из школьников по имени Дональд Миллер, единственным чернокожим учеником, который также является и одним из алтарников при церкви. Она сообщает о своих подозрениях сестре Элоизе, которая, в свою очередь, начинает собственное расследование и более пристальное наблюдение за отцом Флинном. Она подозревает священника в развращении учеников. Сестра Элоиза приглашает мать Дональда к себе для беседы, чтобы расспросить её о сыне и его поведении дома. В ходе разговора Элоиза сообщает ей о своих подозрениях, однако, к её удивлению, мать Дональда упорно не желает слушать её, даже после того, как она прямо и откровенно говорит ей, что абсолютно уверена в том, что отец Флинн «растлевает» её сына. Наконец, мать Дональда, со слезами на глазах, объясняет ей, что её сын — «не такой, как все» и что по этой причине ему пришлось много страдать, в том числе, по причине вынужденного перехода из одной школы в другую из-за враждебности к себе со стороны других учеников. Отец Флинн — единственный человек, который искренне любит и понимает её сына. Более того, говорит она, если отец Дональда узнает о его отношениях со взрослым мужчиной, то может просто расправиться со своим сыном физически. Она просит сестру Элоизу не создавать дополнительные проблемы, а оставить всё, как есть.
Однако сестра Элоиза не унимается и даёт себе слово «избавить» свою школу и церковный приход от священника-«извращенца». Она просит отца Флинна зайти к себе в кабинет для беседы и там прямо и открыто говорит ему о своих подозрениях. Отец Флинн с недоумением отвергает все подозрения, но не может привести доказательства, которые убедили бы сестру Элоизу в его невиновности. Кроме того, она заявляет ему, что она «навела справки» о нём, связавшись по телефону со своими коллегами из других приходов, в которых он работал ранее и что теперь она знает причину, по которой ему пришлось неоднократно переходить из одного прихода в другой. Это вызывает глубокое возмущение отца Флинна, который начинает подозревать, что против него ведётся враждебная кампания с целью дискредитации. Не выдержав этого, он вынужден покинуть свой приход и церковную школу. Это вызывает неоднозначную реакцию как учеников, так и учителей.
Проходит некоторое время. Однажды, во время прогулки по церковному дворику, сестра Джеймс замечает глубоко опечаленную сестру Элоизу, сидящую на скамейке. Сестра Элоиза признаётся ей, что не наводила никаких справок об отце Флинне, а просто солгала, и что сделала это, чтобы увидеть, как он отреагирует. «Если бы он был невиновен, он бы не ушёл от нас» — заявляет она. Сестра Джеймс спрашивает её, в чём причина её переживаний, на что сестра Элоиза отвечает, что её гложет сомнение относительно виновности отца Флинна. В этот момент сестра Джеймс понимает, что у Элоизы не было никаких доказательств вины отца Флинна. Кроме того, она узнаёт, что отец Флинн после ухода из церкви был переведён на ещё более ответственную работу в другом приходе.
Фильм посвящён сестре милосердия Маргарет Маккенти, известной под именем сестра Джеймс.
