Сюжет
В эпоху Мрачного Средневековья, когда чудовища свободно бродили по земле, могущественная колдунья Вивьен Нимуэ, прозванная Кровавой Королевой, насылала чуму на земли Британии, пока её не одолел сам Артур. «Король былого и грядущего», видя что смертным оружием ведьму не одолеть, разрубил её на части своим мечом Экскалибуром и поместил в особые сундуки, запечатанных «Словом Божьим». Сундуки было велено спрятать Рыцарям Круглого Стола там, «где их не нашёл бы даже Дьявол».
В наше время, полудемон и главный оперативник Бюро Паранормальных Исследований и Обороны под кодовым именем «Хеллбой», направляется в один из бойцовских клубов Тихуаны, чтобы найти пропавшего в ходе поисков вампирского логова своего друга, агента БПИО Эрнесто Руиза. Как оказалось, Руиз сам оказался обращён в носферату в ходе поисков, и теперь выступает как рестлер. В бою со старым другом, Хеллбой невольно убивает его, но тот перед смертью принимает человеческий облик, и назвав Хеллбоя Анунг Ун Рама, говорит, что «конец близок». В тот же вечер, агенты находят его в одном из баров пьяным, после чего грузят его на вертолёт и везут в горы Колорадо, где находится Штаб БПИО, где его ждёт Глава Бюро и, по совместительству, приёмный отец — доктор Тревор Бруттенхолм вместе с новым заданием, отправится в Англию для оказания поддержки Клубу Осириса, побратиму БПИО в охоте на чудовищ, в поимке и уничтожении гигантов. Тем временем, Груагах, стремящийся собрать вновь части Кровавой Королевы, чтобы та помогла ему отомстить Хеллбою, антропоморфный монстр-кабан, устраивает резню в одном из монастырей Великобритании, и воспользовавшись вырванным языком одного из монахов (все они дали обет молчания), открывает хранящийся там сундук с головой Нимуэ.
Прибыв в здание Клуба Осириса, Хеллбой встречается с лордом Адамом Глареном, руководителем рейдов на чудовищ, а также леди Хэттон, могущественную провидицу Клуба. В тайной комнате он замечает фото с последней охоты на гигантов, в которой участвовал и Тревор Бруттенхолм, удивляясь что запечатлённые на фото не состарились ни на день. Леди Хэттон поясняет суть аномалии, а также открывает и тайну происхождения полудемона: в 1945-ом, когда поражение Третьего Рейха в войне было неминуемо, члены Общества Туле, ведомые Карлом Рупхертом Крёненом и Григорием Распутиным, прибывают на старое кельтское капище на одном из северных островов Шотландии, пытались призвать «Разрушителя миров», чтобы с его помощью вернуть себе преимущество над Союзниками. Однако, хоть ритуал и был совершён, объединённый спецотряд МИ-6 и УСС, в которые входили как будущие члены БПИО и Клуба Осириса, так и легендарный «охотник на нацистов» Лобстер Джонсон, лично убивший Распутина, оставив свою фирменную метку у него на лбу, ликвидируют участников обряда. Тревор Бруттенхолм, тогда уже известный убийца чудовищ, должен был убить младенца-полудемона, но не смог.
Во время охоты, на которую члены Клуба выезжают в одеждах средневековых рыцарей с электрическими копьями, Гларен и его люди пытаются убить Хеллбоя, веря в предсказание о том, что он «Вестник Апокалипсиса», но ,по иронии, сами оказываются убиты и съедены великанами, которых и должны были найти. Тяжело раненый Хеллбой находит в себе силы в одиночку одолеть всех трёх гигантов, но теряет сознание, увидев лишь остановившийся недалеко минивэн.
Хеллбой приходит в себя в квартире загадочной девушки, в которой после цитирования отрывка из «Алисы в Зазеркалье» узнаёт свою старую знакомую, медиума Алису Монахам. Девушка рассказывает, что к тому полю с великанами её привели духи умерших, ненашутку встревоженные происходящим вокруг. Разговор прерывает ворвавшийся в квартиру отряд спецназа, оказавшийся поисковой группой группой БПИО под командованием бывшего агента МИ-11, майором Бенджамином Даймио. Так как новости о вскрытии хранилищ частей тела Нимуэ и покушении на Хеллбоя быстро дошли до Бруттенхолма, тот в срочном порядке направил всех свободных агентов в Лондон, и пока сам организовывает штаб, посылает группу Даймо вместе с Хеллбоем и Алисой в место, где находится последний сундук - особняк Клуба Осириса. Даймио не скрывает недовольство тем, что ему приходится работать с полудемоном.
На подъезде к особняку, у Алисы случается приступ мигрени, который она объясняет своими способностями, и что там произошло «нечто ужасное». Она оказалась права: особняк и тайная комната разгромлены, а все члены Клуба зверски убиты. Алисе удаётся на время вернуть в этот мир дух леди Хэттон, но та продолжает говорить загадками о судьбе Хеллбоя, как «Разрушителя миров». Наконец, Хеллбой встречается с Груагахом, ненароком разбив сундук и высвободив левую руку Нимуэ, через которую колдунья послала видение полудемону, говоря что его судьба - стать её королём и править в мире, где таким как он не нужно будет прятаться. Это выбивает Хеллбоя из колеи и даёт Груагаху сбежать с рукой.
На вопрос об этом чудовище, Хеллбой раскрывает также и обстоятельства знакомства с Алисой и её родителями: в 1992 году, будучи младенцем, она была похищена феями, оставившими вместо неё подмену. Когда родители заподозрили неладное, Хеллбой пришёл в их дом и пользуясь неприятием тёмных существ к железу, раскрыл маленького Груагаха, которому пригрозил расправой в случае, если феи не вернут Алису домой, что и случилось. Во время соединения частей Нимуэ силой Трёх ведьм, Груагах говорит королеве, что после того случая с девочкой, чудовище не только лишился возможности жить в семье среди людей, но и был заклеймён вечным позором. Теперь же, чтобы вернуть все свои силы обратно, Нимуэ должна вернут свою кровь, которую впитало дерево на Холме Пендл, где проходил её шабаш, и где Артур нанёс ей поражение.
Прибыв в оперативный штаб Бюро, размещённый в старом правительственном бункере, Хеллбой вступает в перепалку с отцом по поводу того, что ему приходится истреблять нечисть, самому будучи нечистью. Попытка покинуть бункер на лифте оканчивается переносом Хеллбоя в некое туманное измерение, в котором обитает другой старый недруг полудемона - Баба-Яга. В Избушке на курьих ножках, внутри являющейся тёмными богато отделанными хоромами, Яга приглашает Хеллбоя за стол, чтобы отведать борща из мяса младенцев, на что тот отвечает отказом. Именно Яга наняла Груагаха для возвращения Нимуэ, чтобы отомстить Хеллбою за то, что тот отстрелил ей глаз и изгнал в иной мир. Однако же готова раскрыть полудемону место нахождения ведьмы в обмен на один из его глаз. Получив информацию о Холме Пендл, Хеллбой соглашается, но только по возвращению после битвы с Нимуэ, т.е. никогда. Это приводит к короткому бою, в конце которого Яга накладывает проклятье на Хеллбоя: «Ты оставишь себе оба глаза, но увидишь ими смерть того, кого больше всего любишь.» Хеллбой возвращается в свой мир, упав на раритетный стол Уинстона Черчилля в штабе БПИО.
Дайми соглашается доставить Хеллбоя и Алису, лично пилотируя вертолёт, и рассказывая девушке свои историю знакомства со сверхъестественным: когда он служил в армии, его отряду поручил выследить некоего людоеда, терроризирующего местное население в африканских джунглях. Людоед оказался странного вида ягуаром, который перебил всех бойцов, а самому Бену оставил шрам на левой стороне лица. Прибыв на место близ Холма, где Нимуэ начала свой тёмный шабаш, героям приходится столкнуться с ожившими трупами ведьм, и Алиса открывает в себе способность буквально «выбивать дух» из нежити. Хеллбой добирается до холма, распугивая собранных Нимуэ чудовищ для похода против человечества выстрелом ведьме в голову. Кровавая Королева восстанавливается и открывает портал с холма, предлагая Хеллбою присоединиться к ней, но тот вновь отказывается. Перед тем как уйди, ведьма врывает шип со своей короны и бросает его в Алису. Зачарованный шип распространяет заразу по телу девушки-медиума без шансов на исцеление, но Ганейда, единственная из ведьм, что некогда предали Нимуэ, говорит что единственный, кто может помочь - сам Мерлин, что покоится в одной из прибрежных пещер на краю острова.
Ветхий от старости чародей исцеляет Алису, но после усыпляет её и Бена, чтобы поговорить с Хеллбоем тет-а-тет. Мерлин говорит, что предвидел возвращение Нимуэ, и потому использовал часть своих сил, чтобы дождаться Хеллбоя, оказавшегося потомком Артура по матери, которая была демонопоклонницей и зачла ребёнка во время обряда, за что оказалась послана в Ад, и Анунг Ун Рама - это данное Хеллбою имя при рождении. Мерлин являет Хеллбою Экскалибур, единственное оружие против Нимуэ, воткнутый в камень в центре пещерного озера. Однако тот отказывается брать меч, ведь едва коснувшись его, видит страшное видение: мир в огне, а он сам, верхом на драконе, бросается в гущу паникующих людей, рубя их горящим Экскалибуром одного за другим. Силы Мерлина истекают, и меч исчезает. Мерлин недоволен отказом, и перед тем как обратится в прах, говорит что этим он обрёк весь мир на уничтожение. Пришедшим в себя Алисе и Бену, Хеллбой говорит, что предпочтёт драться с монстрами «старыми методами».
Тем временем, Нимуэ и её сторонники терроризирую Лондон, насылая на него чуму и разрушив штаб БПИО, перебив всех агентов и похитив Бруттенхолма. Хеллбой, Алиса и Бен приезжают к окруженному полицией Собору Святого Павла, чтобы дать решительный бой Кровавой Королеве. Полудемон вступает в бой с усиленным в разы Груагахом, неспособный одолеть последнего. Бен Даймио приходит герою на помощь, как ягуар-оборотень, которым он стал после получения своей царапины, и трансформацию в которого всё это время подавлял специальной сывороткой. Однако конец Груагаху приходит от рук самой Нимуэ, для которой он был лишь временным инструментом. Колдунья уменьшает его до тех пор, пока свинорыл не взрывается.
Хеллбой оказывается провалившимся в небольшую гробницу, где на троне сидят истлевшие останки Короля Артура, перед которыми воткнутый в камень Экскалибур. На очередной отказ принять силу меча, Нимуэ подводит к себе Тревора Бруттенхолма, и несмотря на мольбы сына убить его место отца, Нимуэ перерезает тому горло, исполняя тем самым проклятье бабы-Яги. Ярость охватывает Хеллбоя и тот достаёт меч из камня. Останки Артура охватило пламя, а Хеллбой принимает облик Анунг Ун Рама: над его головой сияет огненная корона между длинными рогами, а глаза горят тем же адским пламенем, что и меч. Земля под Лондоном трещит, а из ращелин появляются демоны, что убивают всех без разбора. Апокалипсис начался.
Чтобы вернуть Хеллбою его человеческую сторону, Алиса призывает дух Бруттенхолма, который призывает сына перестать ныть о судьбе и своём месте в мире, и принят то, кто он есть - «крутой мужик с каменной рукой». Слова отца находят отклик в душе полудемона, и тот вонзает меч в пол Собора, перед этим отсеча Нимуэ голову. ращелины начинают закрываться, забирая с собой демонов и отменяя Апокалипсис. Нимуэ говорит, что ему не уйти от судьбы, и что в последний день Конца Времён они снова встретятся, на что Хеллбой бросает голову ведьма в последнюю на закрывшуюся расщелину в Ад, тем самым предотвращая её возвращение в будущем, а после прощается с духом отца. Видя, что человеческая черта в Хеллбое всё же сильнее демонической, Бен выбрасывает капсулу с раствором из костей ангела и кровью святого, которая должна была убить Хеллбоя.
Вивьен Нимуэ больше нет, но остальные чудовища продолжают населять этот мир. И вот спустя полгода после событий в Лондоне, судьба заносит Хеллбоя и его команду в лице Алисы Монахан, начавшая мастерски орудовать особым кастетом БПИО, и Бена Даймио, решившего использовать свою звериную черту в деле, на сибирскую базу очередного чокнутого культа, где они находят странный резервуар с надписью: «Ихтио Сапиенс. 14 апреля 1865 года». Однако перед этим (или после), Хеллбой успевает напиться на могиле отца, где встречается с призраком Лобстера Джонсона, который советует ему не быть размазнёй, чтобы не позорить отца.
Далее узнаётся, что Баба-Яга не утратила надежды поквитаться с Хеллбоем, и для этого обращается за помощью к Кощею Бессмертному.
