Сюжет
1999 год. Доктор Исиро Сэридзава и другие учёные на Филиппинах обнаруживают целый скелет огромного неизвестного существа. Как предполагают учёные, он погиб два миллиона лет назад. Но, исследовав пещеру, команда обнаруживает дыру, из которой недавно кто-то вылез, и огромный след, уходящий в море.
В то же время инженер Джо Броуди отправляется вместе со своей женой, Сандрой Броуди, на АЭС близ Токио. Он должен выяснить причину сейсмических толчков, которые приближаются к городу. Во время работы происходит землетрясение, радиоактивный пар выходит из зоны реактора, и Джо приходится пожертвовать командой Сандры и ею самой ради безопасности города. АЭС полностью разрушается.
Спустя 15 лет повзрослевший сын Джо, Форд Броуди, военный сапёр, возвращается со службы в Сан-Франциско. Однако, в день приезда ему сообщают, что его отца поймали при пересечении карантинной зоны вокруг разрушенной АЭС. Форд прилетает в Токио и вместе с отцом едет в его дом. Там он пытается убедить Джо вернуться. Но он отвергает это предложение, аргументируя свой отказ необходимостью доказать, что АЭС разрушило не землетрясение, а нечто живое, и оно скоро проснётся. Форд долго ругается с отцом, но, не в силах переубедить его, нехотя соглашается нарушить японские законы. Прибыв в карантинную зону, они обнаруживают, что там радиации нет, и спокойно идут к своему старому дому. Там Джо находит старые дискеты с записями сейсмической активности в районе электростанции перед её разрушением. Выйдя на улицу, они замечают пролетающий вертолёт и неизвестную базу, но их арестовывают и увозят на неё. На базе они обнаруживают кокон, в котором кто-то есть. Доктор Итиро Сэридзава контролирует его изучение, но излучаемые существом электромагнитные импульсы начинают учащаться. В комнате для допросов Джо объясняет, что это неизвестное существо очень древнее и может испускать электромагнитные импульсы, которые блокируют или отключают всю электронику, и требует освободить Форда. Сэридзава обращает внимание на данные, которые очень похожи на данные 1999 года. Во время разговора происходит учащение импульсов, и Сэридзава приказывает уничтожить существо с помощью мощных импульсов энергии. Сначала показания жизнедеятельности падают, но потом внезапно возрастают, и из кокона появляется кайдзю, который громит базу и улетает. Помощница Сэридзавы и он сам догадываются, что этот кайдзю насыщается радиацией, так как на момент его пробуждения ядерные реакторы базы были истощены.
Джо едва не погиб при атаке монстра, его увозят на авианосец ВМС США «Саратога», находящийся у берегов Японии. После этого события американская армия берёт программу «Монарх» (по исследованию кайдзю) под свой контроль, и даёт Итиро выбрать нужных ему людей. На вертолёте смертельно раненый Джо просит сына вернуться в Сан-Франциско к семье, а затем, уже на авианосце, умирает. На корабле Сэридзава вместе с помощницей пытаются узнать от Форда всё, что он знает об этом кайдзю, именуемым ГННУС (Гигантское Неопознанное Наземное Уникальное Существо), невзирая на то, что он всё-таки ещё и летает. Форд сообщает об эхолокации, которую изучал Джо в последние дни. Это наводит на ту мысль, что ГННУС кого-то зовёт. Сэридзава также объясняет, что в 1954 году подобное существо было замечено в Тихом океане подводной лодкой, и его попытались убить с помощью атомной бомбы, прикрыв это атомными испытаниями. На видеозаписях показывают позвоночные выросты Годзиллы, скрытого толщей воды. Сэридзава считает, что Годзилла будет преследовать кайдзю до тех пор, пока не убьёт его, восстановив тем самым природный баланс.
Форд улетает на Гавайи, а военные фиксируют пропажу русской подводной лодки класса «Акула» с ядерными ракетами. Военный отряд армии США ищет монстра на Гавайях и обнаруживают его посередине острова, вместе с подводной лодкой и ядерными ракетами, которые он грыз. Начинается непродолжительный бой — кайдзю испускает мощный электромагнитный импульс, уничтожая этим истребители. Он направляется в город, и его обнаруживают в аэропорту. В это время на пляже замечают отлив воды, поднимается цунами, которое затапливает весь город. Из воды поднимается Годзилла, который вступает в бой с кайдзю, но тот улетает на восток. Годзилла гонится за ним.
Учёные продолжают изучать данные о монстрах и вспоминают о существовании ещё одного кокона, который находится на складе радиоактивных отходов в Неваде, что вполне логично, потому что больше его негде было прятать. Военные немедленно обыскивают склад и обнаруживают огромную дыру и след, который ведёт к Лас-Вегасу. Второй ГННУС не умеет летать, но он больше первого и оказывается самкой, которая весьма успешно громит все казино Лас-Вегаса. Военные вычисляют траекторию встречи троицы, которая произойдёт в Сан-Франциско. За Годзиллой следит флот, держащийся от него на безопасном расстоянии и не причиняющий ему вреда. Чтобы избавиться от монстров, неизвестный военный аналитик предлагает уничтожить всех ядерной боеголовкой, которую разместят в 20 милях от побережья Сан-Франциско. Всё идёт по плану, пока поезд с боеголовками не перехватывает самец и не уносит в город, как свадебный подарок самке. Объявляется эвакуация, Элли, уверенная, что вскоре к ней должен приехать Форд, прячется в укрытие. Скоро появляется и сам Годзилла. После неосмотрительной атаки со стороны военных он разрушает мост Золотые Ворота, хотя изначально планировал нырнуть под ним, и направляется в город. Самец ГННУСа нападает на ящера, начинается новая битва.
Военные посылают небольшие группы солдат обезвредить боеголовку, а в случае невозможности этого, транспортировать её на корабле как можно дальше от города. Десантники, в числе которых и Форд, приземляются едва ли не в центре схватки Годзиллы и ГННУСа. Десантники находят огромное гнездо самки ГННУСа, которая уже начала откладывать яйца после получения боеголовки, которая уже находится в гнезде. Пока самка отвлекается на Годзиллу и спешит на помощь самцу, боеголовку уносят, а Форд сжигает яйца самки, которая немедленно направляется к ним. Обнаружив, что они сожжены, а боеголовки нет, она приходит в ярость и обнаруживает Форда. Она собирается его убить, но тут сквозь дым и пепел появляются синие огни, которыми разгорается гребень Годзиллы, готовящегося нанести удар атомным дыханием. Самка отвлекается от Форда и получает мощный удар потоком плазмы. Десантники, пользуясь возможностью, грузят снаряд на корабль, но самка настигает их, и убивает всех, кроме Форда. В это время измученный схваткой с двумя врагами Годзилла наконец убивает самца, впечатав его ударом хвоста в небоскрёб. Форд направляет катер с бомбой-боеголовкой в море, но его догоняет самка. В последний момент появляется Годзилла и направляет поток атомного дыхания в глотку самке, изжарив ей шею изнутри. После этого, оторвав ей голову, он падает без сил на берегу. Форд теряет сознание на лодке с боеголовкой, которая вот-вот взорвётся, но его спасают, поднимая на вертолёт. Боеголовка взрывается в океане, хоть и неподалёку, но, видимо, достаточно далеко, чтобы побережье избежало последствий радиации.
На утро в ходе спасательных работ из груд обломков выбираются из убежища уцелевшие жители мегаполиса. Форд встречает свою семью, а Сэридзава смотрит на лежащего Годзиллу. Годзилла приходит в себя, издаёт победный клич и уходит в океан, махнув хвостом, при этом ничего не разрушая. Все оставшиеся в живых аплодируют и одобрительно кричат в честь монстра, спасшего людскую расу.
